Son premier prénom est parfois donné comme Jöns toutefois les sources modernes, y compris les suédoises, utilisent Johan. En Russie où il passe toute sa carrière, il est connu comme Oskar Andreevitch Baklund (Оскар Андреевич Баклунд). Le jour de sa naissance et de son décès sont parfois donnés comme étant le 16 avril et 18 août, ce qui correspond aux dates dans le calendrier julien en usage à l'époque en Russie.
Backlund naît à Länghem dans le Västergötland en Suède et passe ses diplômes à l'université d'Uppsala en 1872. Il se marie avec Ulrika Catharina Widebeck, leur fille Elsa Carolina Backlund (-) est une artiste, elle se marie avec Ulrik Fredrik Adolf Hugo Celsing et est connue sous le nom d'Elsa Backlund-Celsing. Leur fils Helge Gotrik Backlund (-1958) est géologue.
Backlund se spécialise en mécanique céleste, principalement dans le calcul de l'orbite de la comète de Encke, prenant en compte les perturbations de plusieurs planètes. Il utilise ses observations pour estimer la masse de Mercure et de Vénus. Les Russes nomment fréquemment Encke, comète de Encke-Backlund. Il effectue aussi des recherches en géodésie de 1898 à 1900 dans l'île de Spitzberg.