Après avoir été directeur-général des Sénateurs d'Ottawa de 1995 à 1998 puis des Mighty Ducks d'Anaheim de 1998 à 2002, Gauthier est nommé directeur-général des Canadiens de Montréal le à la suite de la démission de Bob Gainey, qui devient alors son conseiller. Le , les Canadiens de Montréal annoncent son congédiement alors que l'équipe termine à la dernière position de l'association de l'est[1].
Il est aujourd'hui responsable du personnel des joueurs pour les Blackhawks de Chicago.