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Le plateau des Kerguelen a pour origine le point chaud des Kerguelen, un point chaud de la croûte terrestre (peut-être dû à un panache mantellique) qui est apparu pendant ou après le morcellement du Gondwana il y a 130 millions d'années. Le plateau a commencé à se former il y a environ 110 millions d'années à la suite d'une série d'importantes éruptions volcaniques. La présence dans le basalte[3] de strates de roche constituées de fragments de gneiss incluant des conglomérats indique que le plateau s'est trouvé au-dessus du niveau de la mer par trois fois il y a entre 100 et 20 millions d'années.
Ce plateau possédait probablement une flore et une faune de type tropical il y a 50 millions d'années. Il est définitivement englouti sous les eaux il y a environ 20 millions d'années et se trouve aujourd'hui mille à deux mille mètres sous le niveau de la mer. Il est constitué de roches sédimentaires similaires à celles que l'on trouve en Australie et en Inde, ce qui suggère qu'ils furent un jour connectés[réf. nécessaire].
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