Ordonné prêtre en 1938, il poursuit une carrière académique et accumule en quelques années (1939-1945) les titres de docteur en philosophie et lettres (histoire) et de bachelier, docteur et maître en théologie, de l'Université catholique de Louvain. Il est fait chanoine en 1951.
Professeur, successivement, au Grand Séminaire de Malines (1944-1952) et à l'Université catholique de Louvain (1952-1983), le chanoine Aubert devient un grand connaisseur de l'histoire de l'Église contemporaine (XIXe et XXe siècles). Il a publié plus de 500 ouvrages, articles et notices de dictionnaires entre 1943 et 1993, notamment Le Pontificat de Pie IX (1952), Vatican I (1964)...