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Cela ne l’empêche pas de s’allier au comte de Toulouse, à Hugues X de Lusignan, comte de la Marche et d’Angoulême et à plusieurs seigneurs pyrénéens dans une révolte contre Alphonse de France, comte de Poitiers. Les maladresses d’Hugues de Lusignan font échouer le complot et Roger fait rapidement sa soumission le mais il est attaqué par Raymond VII qui lui prend Saverdun. Il se rend à Montargis en janvier 1243 demander l’aide militaire du roi et obtient de devenir vassal direct de la couronne. Le , ce dernier lui rend Saverdun.
En 1245, il prend des mesures qui interdisent de fait le servage dans son comté. Contrairement à son père et son grand-père, fervents soutiens des cathares, il se montre catholique fidèle, fait construire la chapelle de l’abbaye de Boulbonne où il fait transférer les restes des anciens comtes en 1251, et favorise l’implantation de l’Inquisition. Celle-ci suspecte néanmoins la sincérité de son sentiment religieux, car il refuse de sévir contre ses vassaux suspectés d’hérésie.
En 1251, il fonde la ville de Mazères, dont il fait résidence des comtes de Foix. Il cherchera à asseoir son emprise territoriale en créant plusieurs bastides (Le Mas-d'Azil, La Bastide-de-Sérou...) s'inscrivant en cela dans ce vaste mouvement d'urbanisation et de compétition féodale qui concernera le grand sud-ouest de la France.
Il cherchera aussi à s’étendre vers le sud, mais se heurte à l’opposition de l’évêque d’Urgell. Ce litige, principalement lié à la suzeraineté des vallées d’Andorre, ne sera réglé qu’en 1278 par un traité de paréage, avec le fils de Roger.