En 2003, l'un de ses élèves, âgé de 12 ans, est enlevé contre rançon par des « seigneurs de guerre ». Sharif Sheikh Ahmed décide alors de s'opposer à eux. Il participe à la fondation de l'Union des tribunaux islamiques (UTI), dont il est élu président. L'Union prit le contrôle de la capitale somalienne, Mogadiscio, ainsi que du sud et du centre du pays.
L'Union obtient la libération du garçon enlevé, ainsi que de plusieurs autres victimes d'enlèvements. Au cours de l'année 2006, elle est scindée entre « modérés » et « radicaux », Sharif Sheikh Ahmed apparaissant comme le dirigeant des modérés. Il participe aux combats contre les forces somaliennes et éthiopiennes qui chassèrent l'UTI de Mogadiscio fin 2006[2]. Il représente l'Alliance pour la relibération de la Somalie[3],[4].
Sharif Sheikh Ahmed arrive en tête au premier tour, avec 219 voix sur 430, contre 60 pour Maslah Mohamed Siyaad Barre, fils de l'ancien président Mohamed Siad Barre, et 59 pour le Premier ministre sortant Nour Hassan Hussein[3]. Au second tour, il fut élu avec 293 voix contre 126 pour Maslah Mohamed Siyaad Barre, Nour Hassan Hussein s'étant retiré[5].
Le , le chef d'Al-Qaida, Oussama Ben Laden, appelle les radicaux islamistes en Somalie à renverser Sharif Sheikh Ahmed dans un enregistrement sonore[6].
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