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1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour :
Il a connu sa première sélection en équipe nationale grecque, le , à l'occasion du match amical face à Chypre, et à cette occasion, il a inscrit son premier but en équipe nationale, ce qui en fait le plus jeune buteur de l'histoire de la sélection grecque de football.
Arrivé en 2003 au Panathinaïkos, en provenance de son club formateur, l'Apollon Smyrnis, Ninis devient vite l'un des éléments clés des équipes de jeunes du club, et ses entraîneurs, voient en lui, l'une des futures étoiles du football grec.
Le , le club lui offre un contrat de 5 ans, et 2 semaines plus tard, l'entraîneur Víctor Muñoz, l'incorpore dans l'effectif pour le match de championnat face à l'AO Aigáleo, au Stade olympique d'Athènes. Il y inscrit le premier but de sa carrière chez les professionnels, et est même élu meilleur joueur de la journée de Superleague.
À 16 ans et 9 mois, il devient le 2e plus jeune joueur à porter les couleurs du club lors d'un match de championnat, après Kostas Antoniou (15 ans en 1977).
En , il est le meilleur joueur du match, lors de la victoire du Panathinaïkos face à AEK Athènes (4-1), auteur ce jour-là, d'un but et de deux passes décisives.
Le , Sotiris Ninis, signe un contrat professionnel avec Panathinaïkos, une clause prévoyant une somme minimale de 15 millions d'euros pour un départ vers un autre club grec, et une somme de 14 millions pour un départ vers un club étranger.
La saison 2007-2008, est troublée par des blessures (tendon d'Achille et muscle de l'estomac), qui le tiennent éloigné des terrains durant plus de 3 mois, par la suite, le jeune espoir, ne regagne jamais la confiance de l'entraîneur portugais, Jose Peseiro.
Les supporters espèrent que l'arrivée du nouvel entraîneur néerlandais, Henk ten Cate, lui donnera l'occasion d'exprimer son talent lors de la saison 2008-2009.
Parme
En , le président de Parme FC, Tommaso Ghirardi, confirme qu'un accord a été trouvé et que Ninis s'engagera pour son club dès le mercato d'été 2012 jusqu'en 2017[1].
Le , après seulement un an à Parme, alors que son contrat expirait en 2017, Ninis décide de quitter le club pour retourner en Grèce.
PAOK Salonique
Appartenant toujours au club de Parme, il part le en prêt jusqu'à la fin de la saison au PAOK Salonique. Il y jouera 23 matches toutes compétitions confondues dont 7 en Ligue Europa et marquera son unique but en Europe.
Retour au Panathinaïkos
Libre de tout contrat depuis , Sotiris Ninis signe le dans son club formateur, le Panathinaïkos.
Élément de base de la sélection grecque, finaliste du Championnat d'Europe de football des moins de 19 ans 2007, il est élu, à 17 ans, dans le meilleur 11 de la compétition, après avoir inscrit le but égalisateur de son équipe en 1/2 finale face à l'équipe allemande (3-2), et réussit 2 passes décisives (dont une lors du match d'ouverture victorieux face à l'Autriche (1-0).
Le , à Patras, Sotíris Nínis se retrouve même dans le 11 de départ lors du match amical de préparation à l'Euro 2008 face à Chypre (2-0), et en inscrivant le premier but après 5 minutes de jeu, il devient, à 18 ans et 46 jours, le plus jeune buteur de l'histoire de l'équipe nationale grecque, effaçant ainsi des tablettes, l'ancien recordman, Kostas Eleftherakis, plus âgé de 244 jours.
Mais cette performance ne suffit pas à le faire retenir parmi les 23 joueurs sélectionnés pour l'Euro 2008, où la Grèce sera éliminée en phase de poules avec trois défaites.