Autrefois propriété de la Bibliothèque d'état de Berlin. Depuis 1945, disparue. Photocopie déposée à Archivs für Photogramme müsikalischer Meister-Handschriften (Bibliothèque nationale autrichienne)
Lors de l’été 1788, Mozart a composé trois grandes symphonies. La Symphonie no 40 a été terminée le et la no 41 le . On ignore pour quelle raison elles furent écrites (probablement en vue d’une série de concerts qu’il projetait). Le premier de ces trois chefs-d’œuvre est la Symphonie no 39 en mi bémol majeur. Comme pour les deux autres symphonies de 1788, on ne connaît rien des circonstances de sa création.
La première édition a été faite en 1797 par Johann Andre (Offenbar/Main).
Adagio, Allegro: Adagio, en mi bémol majeur, à , mesures 1-25, Allegro, en mi bémol majeur, à , mesures 26-309, les mesures 26-142 sont répétées deux fois
Tout comme la « Linz » et la « Prague », la Symphonie no 39 commence par une introduction lente. Audacieuse pour l’époque, déroutante, et très imposante, elle présente déjà une connotation héroïque caractéristique de la tonalité de mi bémol majeur, qui préfigure les mouvements suivants.
L’Allegro qui suit est en effet de proportions héroïques, violent et angoissé, voire parfois mélancolique. L’Andante con moto, agité avec de brusques soubresauts, fut composé dans la même veine ; le Menuet est également héroïque avec toutefois un Trio de saveur rustique que Haydn aurait volontiers goûté.
Quant au finale, il se distingue nettement des trois mouvements précédents, par son humour mordant et la liberté de sa forme qui forment une coda joyeuse et triomphale à cette œuvre en mi bémol.
Hocquard écrivit de cette symphonie : « On y sent à l’œuvre une force mûrie, un héroïsme non pas au sens d’une conquête à l’issue d’un combat, mais qui au contraire se marie parfaitement avec une douceur qui est ici répandue à profusion ». En effet, Hermann Albert parlera d’une « symphonie romantique », par ses brusques changements d’humeur dans l’Andante, par les cors qui succèdent en écho aux clarinettes dans le premier mouvement, et par la sentimentalité du dernier Allegro.