De 2005 à 2007, il joue en Ligue de hockey junior AAA du Québec avec la franchise de l’Action de Joliette. Il est sacré Champion lors de la saison 2005-2006 et remporte la Coupe Fred Page la même année. La saison suivante, il remporte également le championnat grâce notamment à ses 35 points en séries éliminatoires et il est choisi joueur par excellence de la ligue[2].
Départ pour l'Europe
En 2008, il rejoint l’Europe et le club des Jokers de Cergy qui évoluait alors en Division 1. Dès sa première saison, il est nommé dans l’équipe-type du championnat au côté de son futur coéquipier à Gap, Jiri Rambousek[3]. La saison suivante, il est désigné capitaine adjoint du club du Val-d'Oise et finit pour la deuxième année consécutive meilleur pointeur de son équipe.
En 2010, il part en Bretagne pour défendre les couleurs des Albatros de Brest. Il atteint la finale du championnat mais perd contre les Bisons de Neuilly-sur-Marne. Le club breton n’accède pas à la Ligue Magnus, son objectif de début de saison, et Sébastien Gauthier décide de rejoindre les rangs du Gap Hockey Club, pensionnaire de l’élite. Son arrivée dans les Hautes-Alpes est officialisé le [4]. Auteur d'une saison moyenne avec 12 points en 25 matchs (7 buts, 5 assistances), il n'est pas conservé par le club haut-alpin. Il s'engage la saison suivante avec l'Image Club d'Épinal[5].
