Le , Ishikawa signe une entente des ligues mineures avec les Brewers de Milwaukee et reçoit une invitation à leur camp d'entraînement de 2012[5]. Il dispute 94 parties des Brewers en 2012, frappe 4 circuits, produit 30 points et affiche une moyenne au bâton de ,257.
Il rejoint les Orioles de Baltimore le . Il ne joue que 6 matchs pour les Orioles en 2013, avant de passer aux Yankees de New York via le ballottage le 7 juillet. Après un seul match avec les Yankees, il est libéré le et signe cinq jours plus tard un contrat des ligues mineures avec les White Sox de Chicago[6], pour qui il ne jouera finalement pas.
En 2014, Ishikawa évolue brièvement avec les Pirates de Pittsburgh. Déçus de ses performances, les Pirates le libèrent après seulement 15 matchs.
Retour chez les Giants de San Francisco
Le , il signe un contrat des ligues mineures avec son premier club, les Giants de San Francisco[7]. En 62 matchs au total en 2014, Ishikawa frappe pour ,252 avec 3 circuits et 18 points produits.
Blessé en début de saison 2015, il ne dispute que 6 matchs des Giants.
Retour à Pittsburgh
Ishikawa retourne chez les Pirates de Pittsburgh lorsque ceux-ci le réclament au ballottage le . Il complète sa saison avec une moyenne au bâton de ,206 en 44 matchs joués pour San Francisco et Pittsburgh.
Après-carrière
Le , il signe un contrat des ligues mineures avec les White Sox de Chicago[12] mais ne revient pas dans les majeures.