Vibrio

Classification LPSN
Domaine	Bacteria
Embranchement	Pseudomonadota
Classe	Gammaproteobacteria
Ordre	Vibrionales
Famille	Vibrionaceae

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Vibrio (en français les Vibrions) est un genre de bacilles Gram négatifs de la famille des Vibrionaceae. Son nom tiré du latin vibro (vibrer, tressaillir, trembler) fait référence à la mobilité extrême et d'allure désordonnée observée chez ces bactéries. C'est le genre type de l'ordre des Vibrionales et de la famille des Vibrionaceae.

En 2022 le nombre d'espèces décrites et validement publiées a déjà largement dépassé la centaine. La plus célèbre est aussi l'espèce type, Vibrio cholerae, qui est l'agent responsable de l'infection toxinique grave appelée choléra. D'autres espèces de Vibrio provoquent des atteintes digestives moins sévères à type de gastroentérites.

Écologie

Habitat

Ce sont des bactéries vivant dans l'eau. Beaucoup vivent en saprophytes dans les eaux douces, mais elles sont également communes dans les habitats aquatiques salés (eaux de mer, estuaires, intestins des animaux marins). Leur résistance aux sels marin s'explique par leur halophilie.

Pouvoir pathogène

Quelques espèces possèdent un pouvoir pathogène, les unes contre les Hommes, les autres contre les animaux aquatiques comme les poissons ou les batraciens.

L'espèce Vibrio cholerae est responsable d'une maladie grave exclusivement humaine, célèbre dans l'histoire pour ses épidémies mondiales : le choléra qui reste, aujourd'hui, une lourde menace pour certains pays africains et le sous-continent Indien.
Vibrio parahaemolyticus provoque des infections digestives à la suite de consommation de coquillages (huîtres), crustacés, poissons d'eau salée crus ou insuffisamment cuits, cette bactérie est responsable de nombreuses toxi-infections au Japon où la consommation de poissons crus est très courante.
Ainsi les Vibrio pathogènes possèdent plus spécifiquement un « pouvoir toxique » : capacité de la bactérie à sécréter une toxine responsable de trouble dans le fonctionnement d'un organisme supérieur.

Prévalence

Le rapport Lancet Countdown on health and climate change 2023 publié^[2] mercredi 15 novembre par la revue The Lancet alerte sur le fait que ce genre bactérien (dont deux bactéries sont redoutées Vibrio parahaemolyticus et Vibrio vulnificus dite « bactérie mangeuse de chair ») est de plus en plus présent dans les eaux côtières en raison du réchauffement des eaux marines et du climat^[3].

Ces zones concernées gagnent en moyenne 329 kilomètres tous les ans depuis 1982. C'est aux États-Unis qu'on s'est d'abord inquiété : le CDC estimait en 2023 à 150 à 200 le nombre annuel d'infections par Vibrio vulnificus dans le pays, survenant surtout les mois les plus chauds. Une personne diagnostiquée sur cinq en meurt. Mais l'Europe était en 2022 la région du monde où l'extension moyenne de la zone de risque s'est le plus accrue : 142 kilomètres par an (record historique de propagation)^[3].

En 2022, 10 % des littoraux du monde sont concernés, avec 1,4 milliard de personnes susceptibles de développer des maladies diarrhéiques, de graves infections des plaies et des septicémies dues à ces bactéries. Dans un scénario de réchauffement à 2 °C la zone concernée devrait s'agrandir de 17 à 25 % (soit + 23 % à +39 % de cas supplémentaires de vibrioses entre 2023 et 2050^[3].

En 2022, 17 % du littoral européen était concerné, avec 421 000 cas déclarés de vibrioses en 2022 (un nombre qui devrait augmenter de 5 000 cas par an), d'autant que la température de surface de l'Atlantique a encore battu des records de chaleur à plusieurs reprises en 2023 (ex. : T°C moyenne de 24,2 °C le 17 octobre, soit +1,1 °C de plus que la norme 1982-2011)^[3].

En 2023, Patrick Monfort (CNRS, spécialiste des vibrions) alerte sur le fait que ce risque est « aggravé par les événements extrêmes comme les ouragans, les tempêtes ou les inondations qui vont faire varier les niveaux de salinité de l’eau, deuxième facteur favorable à la propagation de ces Vibrio ». Ainsi, après le passage de l'ouragan Ian sur la Floride (septembre 2022), 38 nouveaux cas ont été signalés (dont 11 mortels). Le nombre de cas devrait doubler dans les vingt prochaines années aux États-Unis^[3].

Caractères bactériologiques

Aspect microscopique

Les vibrions se présentent sous la forme de bacilles Gram négatifs fins, fréquemment de forme incurvés, de 2 à 3 µm de long. Ils se caractérisent par une grande mobilité liée à la présence d'un flagelle unique : ciliature polaire. Ainsi leurs déplacements sont très rapides, et suivent une trajectoire rectiligne.

Aspect macroscopique et de culture

Les Vibrio donnent sur GTS (gélose trypticase soja) des colonies de 2 à 3 mm de diamètre, circulaires à bords réguliers, assez plates, légèrement convexes, transparentes en général en 24h. Puis les colonies s'opacifient ; colonies lisses, luisantes de type S.

Conditions de culture

Aérobie de préférence, ils se développent peu ou pas en anaérobiose. Ils se cultivent bien sur les milieux ordinaires entre 10 °C et 40 °C (psychrophiles et mésophiles), un pH un peu au-dessus de 7 sera optimal pour leur culture (neutrophile et alcalophile). Leur culture est rapide et abondante sur un milieu peptoné simple (germe « non-exigeant »).

Les Vibrio ont des propriétés qui permettent leur « électivité » sur les différents milieux :

Ils se cultivent à un pH alcalin entre 7,5 et 9
Ils se cultivent à de forte concentration en NaCl (10 à 30 g/l), du fait de leur caractère halophile. Toutefois certaines espèces de Vibrio sont incapables de pousser en absence de NaCl, elles sont dites halophiles obligatoires.
Leur croissance n'est pas entravée par l'ajout de différents inhibiteurs tels que les sels biliaires, citrate de sodium, thiosulfate de sodium...
- ce qui fait d'eux des sources potentielles d'erreurs d'identification avec les entérobactéries, dont les milieux sélectifs sont propices au développement des Vibrio.

Caractéristiques des cultures

« Aspect en bouillon » : trouble homogène avec un voile en surface.
« Aspect en gélose » : petites ou moyennes colonies (de 1 à 2 mm de diamètre pour 24 heures) semi-bombé, lisses, arrondies : de type smooth ; transparentes ou translucides.

Milieux de culture

Milieux non sélectifs :

Milieux sélectifs :

Milieu TCBS (thiosulfate-citrate-bile-saccharose)

Caractères biochimiques

Les caractères biochimiques des Vibrio sont étudiés en galerie classique pour entérobactérie ou en Api 20 NE pour bacille gram - non-entérobactérie.
Un test permet de différencier les genres Vibrio du genre Aeromonas dans la famille des Vibrionaceae : il s'agit du test de vibriostase, un test de la sensibilité des bactéries à un composé 'vibriostatique O129. sachant que le genre Vibrio est sensible.

Liste d'espèces

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Selon la LPSN (8 décembre 2022)^[4] :