Le virion est une particule non-enveloppée constituée d'une capside quasi-sphérique à symétrie icosahédrique (T=3), d'un diamètre de 29 à 32,2 nm. La capside apparaît avec un contour hexagonal[2].
Parmi les Sobemovirus, qui ont été subdivisés en fonction de leur organisation génomique en deux groupes proches du Southern cowpea mosaic virus (SCPMV) d'une part, et du Cocksfoot mottle virus (CfMV) d'autre part, le RYMV a été classé dans le deuxième groupe[5].
Des différences sérologiques entre les isolats de RYMV ont été signalées. Cinq souches principales ont été distinguées en Afrique, trois en Afrique de l'Ouest (S1, S2, S3) et deux en Afrique de l'Est (S4, S5). La divergence des nucléotides et des acides aminés entre les cinq souches du RYMV s'élève jusqu'à 11%[6].
Distribution
Le virus de la panachure jaune du riz est endémique du continent africain où on le rencontre dans la plupart des pays producteurs de riz. Il a toutefois été signalé aussi en Turquie[7].
Ce virus a d'abord été signalé au Kenya en 1966[8] et il a été détecté dans de nombreux pays de l'Afrique subsaharienne[9]. Il a également été détecté en Afrique centrale[5].
Une enquête menée en 2002-2003 à l'aide de tests sérologiques dans la région d'Edirne, a révélé la présence du virus de la panachure jaune du riz (RYMV) en Turquie[6].
Les striures, marbrures, la décoloration et la malformation des feuilles, ainsi que la mort des jeunes plants infectés sont tous des signes typiques de l'infection par le RYMV[8],[10].
Les jeunes plantules (stade de croissance de 3 à 4 feuilles) sont les plus sensibles - les plantes plus âgées présentent généralement des symptômes foliaires moins évidents et moins de retard de croissance que les plantes plus jeunes. Les symptômes apparaissent initialement sous forme de taches linéaires jaune-vert à la base des plus jeunes feuilles[11]. Au fur et à mesure que l'infection se développe, les taches s'étendent parallèlement aux nervures des feuilles et apparaissent sous forme de stries jaunes ou orange ; celles-ci peuvent varier en largeur, mais peuvent être continues jusqu'à 10 cm[11].
Les plantes affectées ont des feuilles jaunes ou orange aux premiers stades de la culture. Dans les cas graves, les feuilles s'enroulent et sèchent. D'autres symptômes sont le rabougrissement des plants, une diminution du tallage et un mauvais remplissage de la panicule. Il en résulte une production de grains faible ou inexistante et une qualité de grain médiocre[12].
Le virus RYMV est transmis par des arthropodes, plus précisément par des insectes de l'ordre des Coléoptères, pour la plupart de la famille des Chrysomelidae. Ce sont notamment : Sesselia pusilla, Chaetocnema pulla, Trichispa serica et Dicladispa viridicyanea. La transmission se fait selon un mode semi-persistant. Le virus ne se réplique pas dans l'organisme du vecteur et est perdu par l'insecte-vecteur lors des mues, et n'est pas transmis congénitalement à la descendance du vecteur. Il ne nécessite pas de virus auxiliaire pour la transmission vectorielle[2].
Les sauterelles du genre Conocephalus (famille des Tettigoniidae) se sont avérées être un vecteur possible du RYMV en Ouganda[10].
Le virus serait transmissible par d'autres animaux, comme les rats, par contact foliaire sous l'effet du vent et par des facteurs abiotiques (par exemple, l'eau d'irrigation)[10]. Ce virus n'est pas transmis par les graines, ni par les nématodes.
Méthode de lutte
En l'absence de tout traitement direct contre le virus, la lutte conte la panachure jaune du riz fait appel à des mesures prophylactiques, à des traitements insecticides contre les insectes-vecteurs, et à l'emploi de variétés résistantes.
Variétés résistantes
Des variétés résistantes et tolérantes sont disponibles[12],[14],[15]
Utilisation d'insecticides
Aucune méthode de lutte chimique pour arrêter directement la propagation du RYMV n'est disponible, cependant, on peut utiliser des insecticides pour lutter contre les vecteurs du virus dans certains pays et ainsi réduire le taux d'inoculum du virus[12],[16]. Les produits chimiques appropriés varient selon la réglementation locale. L'utilisation d'insecticides présente cependant des inconvénients spécifiquement dans le contexte africain. C'est une méthode coûteuse, non spécifique (qui peut donc éliminer aussi des insectes utiles) et qui présente des risques de toxicité pour l'eau et pour les cultures vivrières associées aux rizières[17].
Pour prévenir la propagation du virus, on préconise le semis dans des pépinières qui n'ont pas été infectées auparavant ou le semis direct au champ[18].
CABI recommande d'installer les cultures le plus tôt possible pour éviter la période de pointe des insectes-vecteurs du virus. De plus, la synchronisation de la plantation dans les différents champs peut empêcher le virus de se propager aux cultures les plus jeunes[11].
Le désherbage régulier des pépinières et des rizières, le nettoyage des diguettes et des canaux d'irrigation, ainsi que des alentours des rizières, en particulier pendant la saison morte, permet d'éliminer les hôtes alternatifs du virus. Le défrichage des buissons autour des champs limite les sites de reproduction des insectes-vecteurs et peut également empêcher la propagation du RYMV[17],[14],[18],[16]. Lors des opérations d'entretien, il est recommandé d'éviter de toucher les plants sains après que les mains ont été en contact avec des plants infectés[17].
Le nettoyage des machines agricoles après chaque utilisation peut réduire la propagation mécanique du virus[11],[18].
L'épuration des cultures consiste à identifier le plus précocement possible les touffes montrant des symptômes de panachure, tant dans les pépinières que dans les rizières, et à les détruire par incinération[11],[19].
La rotation culturale, en alternant les cultures de riz et d'autres plantes cultivées, est également préconisée pour casser l'infestation par le virus et les insectes-vecteurs.
↑(en) Z. Abubakar, « Phylogeography of Rice yellow mottle virus in Africa », Journal of General Virology, vol. 84, no 3, , p. 733–743 (ISSN0022-1317, DOI10.1099/vir.0.18759-0).
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↑ ab et c(en) Fargette D, Pinel A, Abubakar Z, Traoré O, Brugidou C, Fatogoma S, Hébrard E, Choisy M, Séré Y, Fauquet C, Konaté G, « Inferring the evolutionary history of rice yellow mottle virus from genomic, phylogenetic, and phylogeographic studies », Journal of Virology, vol. 78, no 7, , p. 3252–61 (DOI10.1128/JVI.78.7.3252-3261.2004).
↑ a et b(en) Bakker W., Characterization and ecological aspects of rice yellow mottle virus in Kenya., Wageningen University, (lire en ligne).
↑(en) « Rice yellow mottle virus (RYMV) in Africa: evolution, distribution, economic significance on sustainable rice production and management strategies », Journal of Sustainable Agriculture, vol. 11, nos 2–3, , p. 85–111 (DOI10.1300/J064v11n02_08).
↑ ab et c(en) Ayaka Uke, Naswiru Tibanyendela, Ryoichi Ikeda, Azusa Fujiie et Keiko Teresa Natsuaki, « Modes of transmission and stability of Rice yellow mottle virus », Journal of Plant Protection Research, vol. 54, no 4, , p. 363–366 (ISSN1899-007X, DOI10.2478/jppr-2014-0054).
↑ ab et cOuattara Bakary, Le virus de la panachure jaune du riz (RYMV) en Afrique de l'Ouest : caractérisation moléculaire des souches, identification de sources de résistance et détermination des aspects épidémiologiques du virus (thèse), Université Nazi Boni (UNB) - Institut du développement rural (IDR), (lire en ligne).
Sanon O. Mireille Amandine, Aspects épidémiologiques du virus de la panachure jaune du riz dans les plaines rizicoles de Banzon et de la vallée du Kou. Criblage de variétés de riz vis-à-vis de ce pathogène (thèse), Université polytechnique de Bobo-Dioulasso (UPB) - Institut du développement rural (IDR), (lire en ligne).
Ouattara Bakary, Le virus de la panachure jaune du riz (RYMV) en Afrique de l'Ouest : caractérisation moléculaire des souches, identification de sources de résistance et détermination des aspects épidémiologiques du virus (thèse), Université Nazi Boni (UNB) - Institut du développement rural (IDR), (lire en ligne).
