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La carrière d’Ellis a commencé en 1990 dans le magazine Deadline avec une histoire de 6 pages. Parmi ses autres travaux de débutant on trouve une histoire courte de Judge Dredd et une page de Doctor Who. Son premier travail sur une série continue est Lazarus Churchyard publié dans Blast!, un éphémère magazine britannique.
En 1994, Ellis commence à travailler pour Marvel Comics, où il prit en main la série Hellstorm du numéro 12 au 21. Il participa également au label Marvel 2099, principalement pour une storyline où un Docteur Fatalis du futur prend le pouvoir aux États-Unis.
À la suite du succès critique de ce titre, il participe au renouveau de Marvel des années 1990, avec de auteurs comme McFarlane ou Jim Lee.
Il travaille ainsi sur Excalibur, un comics dont l'action se déroule principalement en Grande-Bretagne, et lui donne une dimension inégalé. Il écrivit également quelques numéros de Thor, où il le replace dans un univers High tech.
Ellis travailla ensuite pour DC Comics, Caliber Comics et surtout pour Wildstorm, alors dans le giron d’Image Comics, où il écrivit DV8, une mini-série dérivée de Gen 13 et prit en main Stormwatch. Il l’écrivit du numéro 37 au 50, avec le dessinateur Tom Raney et enchaîna sur le volume 2 de la série dessiné par Oscar Jimenez, Bryan Hitch et Michael Ryan. Après la fin du volume 2 au numéro 11, Ellis et Hitch lancèrent The Authority, une équipe de super-héros née des cendres de Stormwatch.
En 1997, Ellis commença sa série en creator-owned, Transmetropolitan - histoire d’un acerbe journaliste "gonzo" dans des États-Unis futuristes – avec le dessinateur Darick Robertson sous le label Helix de DC. Quand Helix cessa d’exister, l’année suivante, Transmetropolitan fut transféré dans le label Vertigo et devint l’un des comics sans super-héros publié par DC ayant le plus de succès. La série dura 60 épisodes (plus quelques spéciaux), s’arrêtant en 2002, une fois que l'auteur n'eut plus rien à y raconter.
1999 vit le lancement de Planetary, une autre série Wildstorm par Ellis et John Cassaday, ainsi qu’une courte participation d’Ellis à la série Hellblazer de DC/Vertigo. Il quitta la série quand DC annonça, à la suite du drame de Columbine, qu’elle ne publierait pas Shoot, une histoire décrivant un incident similaire, qu’il avait déjà écrite et qui était déjà illustrée et prévue pour paraître.
Ellis retourna chez Marvel, pour prendre part à la "Revolution" des titres mutants en dirigeant les séries "Counter-X". Cette ligne devait revitaliser les séries dérivées des X-Men : Generation X, X-Man, et X-Force, mais ne fut pas un succès, éloignant Ellis des comics de super-héros pour quelque temps.
2004 vit le retour d’Ellis au comics de super-héros grand public. Il prit en main Ultimate Fantastic Four et Iron Man, pour Marvel, avec laquelle il signa un contrat exclusivité pour les travaux de commande. Il écrivit également un épisode du dessin animé La Ligue des justiciers (Justice League Unlimited en VO).
Les titres Apparat sortirent entre la fin 2004 et en 2005. Ellis décrit ces titres comme les "quatre premiers numéros imaginaires de séries imaginaires faisant partie d'une ligne imaginaire de comics". Les titres Apparat étaient publiés par Avatar mais portaient seulement le logo Apparat en couverture. Une seconde vague de titre devrait être lancée en 2006.
Outre la fin d'un ensemble de trois mini-séries pour la ligne Ultimate de Marvel son prochain projet est Nextwave, avec le dessinateur Stuart Immonen, toujours chez Marvel.
Controverse
En juin 2020, Warren Ellis est mis en cause par un collectif de victimes[2], pour comportements déplacés, abus de pouvoir et manipulations sur une période de 20 ans[3].
Dans une lettre ouverte, Ellis se défend de s'être jamais considéré dans une position de domination ou de privilégié. Il présente ses excuses, en admettant qu'il ait pu involontairement blesser ses relations et assure assumer la responsabilité de ses torts[4].
À la suite de cette mauvaise presse, il est écarté de plusieurs projets[5],[6].
Publications
(les titres suivis d'un* ont été traduits en français)
At the zoo, 2000, courte nouvelle sur le transhumanisme publiée dans la revue Nature #408 du . Version française : Comme des animaux en cage, publiée dans le Courrier International n° 529-530 - 21 déc. 2000