Historiquement, l'Yssel hollandais était une branche du Lek, qui se détachait près de Vreeswijk (l'actuel Nieuwegein). Il y avait deux raisons pour lesquelles cette branche a dû être barrée au XIIIe siècle :
Le barrage du Rhin près de Wijk bij Duurstede avait augmenté la quantité d'eau dans le Lek, et
l'assèchement et le défrichement des marais hollandais exigeait une évacuation des eaux adéquante ; cela nécessitait un niveau d'eau suffisamment bas de l'Yssel hollandais.
Le comte Florent V de Hollande ordonna la construction d'un barrage en 1285. Ce fut le Barrage du Klaphek (Dam bij het Klaphek), du nom de la ferme près de laquelle il a été construit. Depuis, l'Yssel hollandais n'est plus alimenté par le Rhin, mais seulement par des rivières et canaux creusés par l'homme.
Du Canal de la Merwede jusqu'à la Nouvelle Meuse
De Nieuwegein à IJsselstein
La rivière naît depuis le Canal de la Merwede dans le centre de Nieuwegein. Avant de sortir de la commune de Nieuwegein, le Kromme IJssel se détache de l'Yssel hollandais. Après, la rivière traverse la commune d'IJsselstein, dont le centre historique se trouve sur la rive gauche.
Ensuite l'Yssel hollandais passe à Gouda, la plus grande ville située sur la rivière. À l'est et à l'ouest de Gouda se trouvent plusieurs complexes d'écluses, qui permettent d'accéder au réseau de canaux du centre de Gouda, et de transiter via la Gouwe vers le nord du pays. Entre Nieuwegein et Gouda, la rivière peut être considérée comme canalisée. Les marées sont toujours perceptibles jusqu'à Gouda, où l'amplitude des marées peut varier de 1,80 m en été jusqu'à 3,30 m en hiver, même après la réalisation du plan Delta. Autrefois, à cause de ces mouvements de marée, l'eau des canaux du centre historique pouvait régulièrement être rafraîchie.
À Kralingseveer, la rivière se jette dans la Nouvelle Meuse. En face est située l'ancienne île d'IJsselmonde et le village d'IJsselmonde, aujourd'hui quartier de Rotterdam, dont les noms sont issus de sa situation à l'embouchure (mond) de l'Yssel.