ils sont élus par la population à travers une élection unique en Géorgie, en Pennsylvanie et au New Hampshire (dans ce dernier État, la législature a le dernier mot si aucun candidat ne remporte la majorité) ;
dans le Massachusetts, deux électeurs sont nommés par la législature et les autres sont choisis parmi les deux candidats ayant reçu le plus de voix dans chaque circonscription électorale ;
dans le Tennessee, chaque comté élit un délégué et les délégués procèdent ensuite au choix d'un électeur dans leur circonscription.
Le collège électoral pour cette élection est composé de 138 membres.
Campagne
Après la confirmation du retrait de George Washington, le vice-président sortant, John Adams, apparaît comme le candidat logique des fédéralistes. Il s'adjoint le populaire Thomas Pinckney, ancien ambassadeur en France, comme candidat à la vice-présidence.
Thomas Jefferson est, lui, le chef de file des démocrates-républicains, avec Aaron Burr, sénateur de New York, comme colistier.
La campagne est très vive et principalement axée sur les critiques que chacun des camps fait à l'autre. Les fédéralistes sont ainsi accusés d'être des « aristocrates », soutenant de fait le principe de la monarchie, et d'être trop conciliants avec le Royaume-Uni. Dans l'autre sens, le soutien des démocrates-républicains à la France est jugé comme une adhésion de fait aux outrances de la Terreur.
Résultats
Avant l'adoption du XIIe amendement de la Constitution, l'élection du président n'est pas distinguée de celle du vice-président. Une fois les candidatures déclarées, chaque électeur dispose de deux voix. S'il obtient la majorité absolue, le candidat arrivé en tête est élu président et celui arrivé en deuxième position est élu vice-président.
Malgré la constitution des « tickets » Adams-Pinckney et Jefferson-Burr, les deux partis ne peuvent empêcher la présence de candidats « dissidents », sans que cela paraisse d'ailleurs faire accroc à la logique de parti. Les deux partis sont très proches l'un de l'autre, un certain nombre d'électeurs n'hésitèrent pas à voter pour un candidat fédéraliste et un candidat démocrate-républicain, et les électeurs sont réunis dans les capitales des États et non pas dans un lieu unique pour procéder au vote. Tous ces éléments contribuent à l'élection d'un duo exécutif hétérogène.