Une sélection monténégrine a joué deux matches, non officiels, après la Seconde Guerre mondiale : en 1945, à Belgrade, contre une sélection serbe (victoire serbe 2-1) et le , à Shkodër, contre l'Albanie (victoire albanaise 5-0).
Le , le sélectionneur du Monténégro, Zoran Filipović, annonce la liste de joueurs pour le premier match officiel de l'équipe nationale du Monténégro face à la Hongrie en amical. La non-sélection de joueur comme Marko Baša de Le Mans UC et Andrija Delibašić de Beira-Mar constitue les grandes surprises. À signaler la jeunesse de l'effectif, le seul joueur dépassant les 30 ans étant Vlado Jeknić(en) de Wacker Burghausen.
Le Monténégro fait ses débuts en éliminatoires pour la coupe du monde 2010 à Podgorica face à la Bulgarie. Le match s'est terminé sur le score de 2-2 avec une égalisation bulgare en toute fin de match. Les Braves Faucons ont de nouveau surpris en faisant match nul face à l'Irlande à domicile. Les monténégrins ont ensuite été battu en Italie non sans démériter (2-1). Le match retour face à la Squadra Azzura n'a pas été aussi bon et s'est terminé sur une défaite de deux buts à zéro. Le Monténégro a continué à décevoir lors qu'il n'a pu faire mieux que match nul face à la Géorgie (0-0) et face à Chypre (2-2) après avoir pourtant mené de deux buts. A Sofia, la sélection est de nouveau battue sur le score sévère de 4-1 après avoir ouvert le score.
Il a fallu attendre seulement leur troisième compétition internationale (l'Euro 2012) pour voir le Monténégro se qualifier au moins pour les barrages, mais la sélection balkanique est battue à l'extérieur à l'aller (0-2) puis à domicile au retour (0-1) par la Tchéquie et échoue à se qualifier pour son premier Championnat d'Europe.
Mirko Vučinić entre dans l'histoire du football monténégrin, en devenant le premier buteur de son pays.
Le Monténégro ne se qualifie pas pour les compétitions suivantes et subit par ailleurs la plus lourde défaite de son histoire à l'occasion des éliminatoires de l'Euro 2021, le sur la pelouse de l'Angleterre (0-7). En revanche, la sélection balkanique obtient une promotion en Ligue B après avoir terminé en tête de sa poule en Ligue C de la Ligue des nations 2020-2021 grâce à un bilan de 4 victoires, un nul et une défaite.
Sélection des joueurs
En football international, les joueurs sont éligibles pour jouer sous les couleurs d'un seul pays et ne peuvent plus en changer après avoir disputé un match (titulaire ou remplaçant) reconnu par la FIFA. Cependant, une exception est faite dans les cas où un ou des nouveaux états apparaissent après la dissolution d'un ancien pays. Basée sur les règles actuelles de la FIFA, un joueur peut être éligible pour jouer avec le Monténégro, même si auparavant, il a joué pour la Serbie-et-Monténégro, et que l'une des trois obligations suivantes est remplie :
Qu'au moins un de ses parents et/ou au moins un de ses grands-parents soit né au Monténégro.
Qu'il ait vécu au Monténégro pendant une période continue d'au moins deux ans.
À cause des mixités anciennes, il est probable qu'un important pourcentage de joueurs éligibles avec le Monténégro le soient également avec la Serbie et vice-versa. Cependant, lorsqu'un joueur joue sous le maillot de la Serbie ou du Monténégro, il n'est plus sélectionnable pour l'autre pays.
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