O interior é de estilo barroco. A basílica, de planta rectangular, está composta por tres naves, sendo a central de maior anchura que as laterais, mais son todas iguais en altura. O cadeirado do coro, obra de Pedro de Mena, é unha vistosa obra de arte.
A fachada, polo contrario, é de estilo renacentista e está dividida en dúas alturas. Na de abaixo hai tres arcos e dentro destes, portas separadas por columnas de mármore. Sobre as portas hai uns medallóns. Os das portas laterais representan os padroeiros de Málaga, San Ciriaco e Santa Paula, meentras o central representa unha escena bíblica.
A torre norte érguese até os 84 metros de altura, sendo a segunda catedral máis alta de Andalucía, só superada pola de Sevilla. A torre sur está sen rematar, porque o diñeiro se utilizara para axudar en América; de aí o sobrenome da Catedral: "La Manquita". Actualmente isto é motivo de polémica, xa que hai quen opina que debe ser terminada tal e como se proxectaba nos planos orixinais, mentres outros opinan que debe deixarse como está.
