בעקבות רצח רבין[5], הקים הרב סתיו יחד עם הרב שרלו, הרב רפי פוירשטיין ורבנים נוספים את ארגון צהר, והחל משנת 2009 משמש כיושב ראש הארגון. הוביל קמפיין שנלחם בכוונתו של שר הדתות יעקב מרגי למנוע מהארגון להשיא זוגות.
בשנת 2012 החל לפרסם טור שבועי בנושא פרשת השבוע בעיתון "ישראל היום", והוציא לאור את ספרו הראשון, "בין הזמנים – תרבות בילוי ופנאי בהלכה ובמחשבה". הספר קיבל הסכמה מהרב ציון בוארון, וברכה מהרב יעקב אריאל על כתיבת ספר מעין זה.
רבנים חרדים ורבנים מהאגף השמרני של הציונות הדתית הביעו התנגדות למועמדותו של הרב סתיו, ובהם הרב שמחה קוק[17], הרב צבי ישראל טאו, הרב זלמן נחמיה גולדברג והרב שלמה אבינר[18][19]. הרב עובדיה יוסף יצא בחריפות נגד הרב סתיו והתמודדותו לרב הראשי בדרשתו השבועית, הוא כינה אותו "רשע" ואמר ש"הוא מסוכן לרבנות, מסוכן ליהדות, מסוכן לתורה" והצבתו לתפקיד הרב הראשי היא "העמדת צלם בהיכל"[20]. בכינוס רבנים בביתו של הרב חיים דרוקמן דרשו מהרב סתיו להסיר את מועמדותו כדי לאפשר את בחירת הרב יעקב אריאל[21]. מנגד, ארגון הרבנים האמריקאים "הסתדרות הרבנים דאמריקה" (RCA) תמך ברב סתיו[22].
דעותיו ודרכו ההלכתית
הרב סתיו נחשב כבעל גישה ליברלית מבחינה הלכתית.[23] הוא מותח ביקורת על מדיניות הגיור המקובלת בבתי הדין לגיור. לדעתו, הגיור צריך להיות מבוסס על קבלת עול מצוות עקרוני והצטרפות לאומית, ואולפני הגיור צריכים להתמקד בעקרונות אמונה בסיסיים ולא בפרטי המצוות המעשיות[24]. הוא תומך בהסכמי קדם נישואין המיועדים למנוע סרבנות גט ופועל ליצירת הסכמה רבנית על נוסח מקובל להסכמים[25].
בחודש אלולה'תשע"ב פרסם עם הרב יעקב אריאל את "תוכנית ג' אלול לחיזוק הרבנות הראשית וזיקתה לכלל הציבור בדרכו של הראי"ה קוק זצ"ל" (ג' באלול הוא יום פטירתו של הרב קוק). התוכנית מציעה שינויים בפעילות הרבנות הראשית ובהם: חיוב רבנויות מקומיות להכיר בגיורים של בתי הדין הרבניים לגיור ובהיתר המכירה בשנת השמיטה; הפיכת תעודת הכשרות הבסיסית של הרבנות לסטנדרט הלכתי אחיד ללא הידורים; פתיחת אזורי רישום הנישואין; ומינוי דיינים בעלי השקפה הלכתית שמתירה הטלת סנקציות כבדות על גברים סרבני גט. במסגרת ארגון צהר, השתתף בהקמת ארגון כשרות אלטרנטיבי לשנת השמיטה כחלופה לכשרות הרבנות הראשית, לאחר החלטת הרבנות לאפשר לרבני ערים למנוע תעודת כשרות מפירות היתר מכירה שנמכרים בתחום אחריותם[26].
הרב סתיו הביע תמיכה בנשיאה בנטל השירות הצבאי גם בקרב בחורי ישיבות[27]. הוא גינה את פרסומו של הספר תורת המלך, וכתב ש"אסור היה להראות אפילו למראית עין שמותר לרצוח פלסטינים", ושרצח של גוי חמור יותר מרצח של יהודי, משום שיש בו חילול השם. לטעמו יש להיאבק על שמירת אזורים בעלי סיכוי להתיישבות ערבית על ידי יישוב יהודי מוגבר ולא באמצעות פסקי הלכה ש"מזיקים ברמה הציבורית"[28].
בספרו "בין הזמנים – תרבות בילוי ופנאי בהלכה ובמחשבה" הוא מגלה הערכה כלפי תרבות הפנאי ונוקט בגישה מקלה בנושאי צניעות: "כאשר מדובר בסרט בעל ערך חיובי רב, שיש בו סצנות מעטות עם בעיות צניעות קלות, אפשר להתיר את הצפייה בסרט ולהסתפק בעצימת עיניים בסצנות הבעייתיות"[29], "מותר לצפות בהצגת נשים המבוססת בעיקרה על העברת תכנים ולא על הבלטת גוף האישה"[30]. לגבי קריאת ספרים: "מותר לקרוא ספרים שמופיעים בהם קטעים לא צנועים שאינם עיקר הסיפור ואפשר לעבור עליהם בזריזות או לדלג עליהם"[31], ולנשים לא קיימת מגבלה זו כלל[32].
עוד פסק כי "מותר ואף רצוי לקרוא כל מידע שעשוי לסייע לאדם בהבנת המצב הפוליטי, הביטחוני והכלכלי, הגם שהוא כרוך בלשון הרע על מנהיגים או דמויות אחרות"[33]. כמו כן פסק כי איסור הצלת נוכרי בשבת אינו תקף בימינו, שכן "ההלכות שלא חייבו להציל חיי גוי עסקו בגוי שהיה אדם מושחת בהנהגותיו ומידותיו ולא דיברו על גויים השומרים על ערכים מתוקנים כמו בימינו"[34].
בריאיון לגבי הומואים דתיים הביע את דעתו שמדובר באיסור חמור, אך ברמת ההתייחסות האנושית אין לדחות הומוסקסואלים או לראות בהם סוטים, ויש לקיים אתם דיאלוג ולנסות להקל על מצוקתם תוך בדיקת הפרמטרים של ההלכה[35].