באפריל 1444 התחתן חואן עם חואנה אנריקס, בתם של פאדריקה אנריקס, רוזן מנדוסה ומריאנה פרנאנדס דה קורדובה אי איאלה. בשנת 1450 חזר חואן השני עצמו לשלוט ישירות על נווארה, בעידודה של אשתו השאפתנית חואנה אנריקס, שביקשה להבטיח את הירושה לבנה פרננדו (אשר לעתיד יקרא פרננדו "הקתולי"). כתוצאה מכך פרצה מלחמת אזרחים אשר בה הצד החזק של האגראמונטים תמך במלך ובמלכה; והצד של הבומונטים - הקרוי של מנהיגם חואן דה בומונט - תמך במועמדותו של דון קרלוס. תושבי ההרים תמכו בנסיך ויאנה, ואילו תושבי המישורים תמכו במלך. הנסיך דון קרלוס האומלל הובס על ידי אביו באייבר בשנת 1451, ונאסר לשנתיים, שבמהלכן כתב את ספרו המפורסם "קורות נווארה" אשר מהווה מקור עיקרי לידע על התקופה. לאחר שחרורו, הוא ביקש לשווא את עזרתו של שארל השביעי, מלך צרפת וכן את עזרת דודו אלפונסו החמישי, מלך אראגון (אשר גר אז בנאפולי).
זכותה של בלאנקה לכס הנווארי נורשה על ידי אחותה, לאונור, מלכת נווארה, רוזנת פואה ובארן, אשר הייתה בעלת ברית של אביה, והיא זאת שירשה לבסוף את חואן לאחר מותו.