עם פרוץ מלחמת העולם השנייה שירת קניג כקפיטן (סרן) בגדוד האלפיני, חלק מן הגדוד השלושה עשר של לגיון הזרים אשר נשלח לנורווגיה, תחת פיקודו של הגנרל בותאר, על מנת לעצור את הפלישה הגרמנית לארץ זו.
המאמץ הצרפתי בנורווגיה היה חייב להיזנח, עם פלישת הוורמאכט בכוח גדול אל צרפת וארצות השפלה ב-10 במאי1940. בחודש יוני 1940, קיבלו כוחות בעלות הברית בנורווגיה פקודת נסיגה, והועלו על אוניות בדרכם אל החזית הצרפתית. קניג ואנשיו הונחתו בברטאן אשר במערב צרפת, אך לא הספיקו להילחם. הם הגיעו מאוחר מדי, כאשר התבוסה הצרפתית הייתה כבר עובדה מוגמרת. קניג ומספר מאנשיו הצליחו להימלט מברטאן באמצע חודש יוני 1940, ביחד עם אחרוני החיילים מחיל המשלוח הבריטי, והגיעו ללונדון.
צרפת החופשית
הצטרפות לצרפת החופשית ומבצע בגבון
ב-18 ביוני 1940 נשא דה גול את נאומו ההיסטורי בתחנת ה-BBC בו הכריז על הקמת צבא צרפת החופשית, שימשיך להילחם כנגד הגרמנים מחוץ לגבולות צרפת. בעת שנתנה ההכרזה היה אך מספר מועט ביותר של אנשים שיכולים היו להצטרף לקריאה - כמה מאות מאנשי הגדוד האלפיני, כמה אלפי מלחים באוניות שעגנו באנגליה בעת הכניעה, וכמה אלפי פצועים שפונו לאנגליה בעת הלחימה. הייתה זו התחלה צנועה למדי.
קניג ואנשיו היו בין הראשונים שהצטרפו אל דה גול, שכן הם שהו באותה העת בלונדון, בטרנטהם פארק. ב-29 ביוני 1940 נפגש עמם דה גול. מפקדם, בותאר, ביקש לחזור לצרפת על מנת ללחום במחתרת. קניג, ומפקדו לויטננט קולונלראלף מונקלאר, וכמאתיים מאנשיהם, הצטרפו אל דה גול. לאחר עזיבת דה גול את המקום, "יעצו" לאנשי הגדוד הקצינים הבריטים שהיו עמם, כי אם ימשיכו במעשיהם יוגדרו כמורדים בממשלתם החוקית. בריטניה ניתקה את קשריה עם ממשלתו של המרשאל אנרי פיליפ פטן המכונה "צרפת של וישי" רק כמה ימים מאוחר יותר.
כוח האדם הצנוע שהצליח דה גול ללקט משברי יחידות שהגיעו לאנגליה לא היה בסיס לכל פעולה של ממש. עתידה של צרפת החופשית עתיד להיות במושבות, ובמיוחד במושבות באפריקה. צרפת שלטה בגוש יבשתי ענק, מאלג'יריה בצפון, ועד גבון בדרום. למעשה כל חלקה הצפון מערבי של היבשת היה תחת שליטה צרפתית. כאן היה בסיס טריטוריאלי ואנושי להמשך הלחימה.
בצפון היבשת לא היה כל סיכוי לאנשי "צרפת החופשית". מרוקו, תוניסיה ואלג'יריה היו תחת שליטה הדוקה של אנשי וישי. נראה כי הסיכוי הטוב ביותר הוא במושבות אפריקה המשוונית קמרון, צ'אד וקונגו. נקודה אסטרטגית בעלת חשיבות עליונה הייתה גבון. ב-29 באוגוסט 1940 הודיע מושל גבון, מאסון, לדה גול על הצטרפותו ל"צרפת החופשית". לאחר מכן שינה מאסון את טעמו, והודיע כי מדובר בטעות, וכי הוא נותר נאמן לצרפת של וישי. הדבר יצר מובלעת של וישי, בתוך גוש של מדינות (צ'אד, קמרון, אפריקה המרכזית וקונגו) הנאמנות לצרפת החופשית. למובלעת זו הייתה גישה אל הים, עובדה אשר הקשתה על הכנעתה. לאחר קרבות שנמשכו מספר ימים, פלש צבא "צרפת החופשית" ב-8 בנובמבר לעיר ליברוויל, בירת גבון, במבצע המכונה "הקרב על גבון". קניג, שמונה לקולונל (אלוף-משנה), הצטיין בקרבות אלו, ולאחר יומיים של קרבות כבש את העיר במחיר של עשרים הרוגים.
ביוני 1941 השתתף קניג במערכה שניהל צבא צרפת החופשית כנגד כוחות וישי בסוריה ובלבנון, מערכה שאחריה מונה לגנרל, ולמפקד החטיבה הראשונה של צבא צרפת החופשית.
באמצע שנת 1942 היה מצבם של הכוחות הבריטים בצפון אפריקה בכי רע. בינואר 1942 החזיקה הארמייה השמינית של הצבא הבריטי בעמדות בקו גזאלה בסמוך לטוברוק. במשך כארבעה חודשים צברו הצדדים כוחות, לקראת מתקפה עתידית. המפקד הבריטי, קלוד אוקינלק היסס מלפתוח במתקפה, ובחר לבצר את הקו, שנמשך לאורך כ-72 קילומטרים, מגזאלה בצפון לביר חכים בדרום. החטיבה הראשונה של צבא צרפת החופשית, בפיקודו של קניג, המונה כ-5,500 לוחמים, נשלחה להחזיק בעמדה הדרומית.
ב-26 במאי1942 תקף הפלדמרשל ארווין רומל את הבריטים, והצליח להגיע להישגים שהביאו לכך שהארמייה השמינית הבריטית ניהלה קרב נסיגה באזור קירנאיקה כאשר קורפוס אפריקה בפיקודו של רומל מזנב בעקבותיה, ומנסה לכתר אותה ולהשמידה. אנשי קניג החזיקו במצודת ביר חכים באזור אגפה הדרומי של הארמייה השמינית, ונקודה אסטרטגית חשובה ביותר להבטחת הנסיגה הסדורה של הארמייה, ולמניעת כיתורה.
ב-27 במאי1942 התקיפה חטיבת "אריאטה" האיטלקית את כוחותיו של קניג, ונכשלה. ארבעים טנקים הושמדו בהתקפה, ועוד חמישה עשר בהתקפת נגד של קניג ביומיים שלאחר מכן.
ב-30 במאי נכנסו כוחותיו של רומל לפעולה. היה זה המגע הקרבי המשמעותי הראשון בין גרמנים וצרפתים מאז כניעתה של צרפת, ויוחסה לו חשיבות סמלית רבה על ידי שני הצדדים. מתקפתו של רומל הצליחה לגרום לכיתורה של החטיבה הראשונה, אשר הושלם ב-7 ביוני. שליחים מטעמו של רומל הגיעו אל הגנרל קניג ודרשו ממנו להיכנע, על פי העיתון "דבר" קניג השיב "תשובה נמרצת שאינה ראויה לדפוס". המשוררנתן אלתרמן, אשר כתב באותם ימים בעיתון "הארץ" טור בשם "רגעים" על ענייני השעה, העלה על נס את האירוע בשירו "תשובתו של הגנרל קניג". האולטימטום תואר בעטו של אלתרמן:[1]
אלתרמן מסיים את שירו במוסר השכל, כי לו נתן העולם כולו את תשובתו של הגנרל קניג להיטלר בשנות השלושים, היה העולם נראה אחרת.
מאוחר יותר אמר קניג כי לא נהג לגדף קציני אויב, לא כל שכן את שליחיו של רומל שאותו כיבד. הוא סיפר כי כאשר הודיעו לו קציני המטה שלו כי שני קצינים איטלקים הגיעו בשליחות רומל, שאל באירוניה: "אולי רומל רוצה להיכנע?". כשראש מטהו ענה לו כי רומל דווקא רוצה שהם ייכנעו, נפלטה מפי קניג קללה עסיסית. הסיפור הגיע לעיתונים ושם, שינה הסיפור צורה וקיבל חיים משלו[2].
במשך ימים ארוכים עמדה החטיבה במצור, תחת מתקפה ארטילרית ואווירית עזה, ללא מים, בחום ובשרב של המדבר הלובי. עמידת החטיבה שיבשה את תוכניותיו של רומל, ואת קווי האספקה והתקשורת שלו במצוד אחר הארמייה השמינית. בלילה שבין 10 ביוני ו-11 ביוני הצליחו כוחותיו של קניג לפרוץ את המצור בכוח, תוך שהם נושאים עמם את כל ציודם ואת הפצועים שנפצעו בקרב. החטיבה הצליחה ליצור קשר עם כוחות בריטים באזור אל גובי, ולפרוס שם מחדש את כוחותיה. כעשרים אחוז מאנשי החטיבה נפגעו בקרב.
שחרור צרפת
בחודש מרץ 1944 מונה קניג למפקד "כוחות הפנים הצרפתיים". היה זה כינוי לכוחות המאוחדים של מחתרות תנועת ההתנגדות הצרפתית, אשר על פי הוראת דה גול אורגנו כיחידות צבאיות לכל דבר, וצורפו באופן רשמי ל"צבא צרפת החופשית" על מנת לקדם את פני פלישת בעלות הברית הממשמשת ובאה.
קניג נשלח למטהו של הגנרל אייזנהאואר בלונדון, ומשם הפעיל את הכוחות. קניג עמד לצד הגנרל בפלישה לנורמנדי ב-6 ביוני 1944, וכוחותיו התקדמו עמו לכיוון פריז. ב-25 באוגוסט 1944 נכנס דה גול, וקניג עמו, לפריז ששוחררה על ידי יחידות של צבא צרפת החופשית בפיקודו של הגנרל לקלרק, לאחר שב-21 באוגוסט 1944, התמנה קניג כמושלה הצבאי של העיר.
לאחר המלחמה
לאחר המלחמה פיקד קניג אזור הכיבוש הצרפתי בגרמניה, עד שנת 1949. ב-1949 מונה קניג למושל צפון אפריקה, וב-1950 לסגן נשיא המועצה לביטחון לאומי. ב-1951 לאחר פרישתו, נבחר כנציג המפלגה הגוליסטית(אנ') לאספה הלאומית, ולאחר מכן שירת תקופות קצרות כשר ההגנה תחת ראשי הממשלה פייר מנדס פראנס ואדגר פור. הוא פרש סופית בשנת 1955.
בראשית מאי 1955 שיגר דוד בן-גוריון את שמעון פרס ששימש כמנכ"ל משרד הביטחון אל פייר קניג, שר ההגנה באותה תקופה. ופייר קניג שקיבל אותו בלבביות, הורה לפתוח את מחסני החירום של צרפת ולספק לישראל את מבוקשה: טנקים, מטוסים, תותחים וציוד מכ"ם[3].
פייר קניג היה ידיד ישראל וכיהן כראש אגודת הידידות צרפת-ישראל.
באפריל 1969, לאחר פרישת דה גול מנשיאות צרפת, הציע אלן פוהר, נשיא הסנאט והנשיא הזמני של צרפת, לקניג, לרוץ כמועמד לנשיאות בבחירות והבטיח לו את תמיכתו. קניג דחה את הבקשה תוך ציון בריאותו הרופפת והצהיר כי אין זה ראוי שגנרל אחד יחליף גנרל אחר בראשות המדינה.