אוניברסיטת פיזה (באיטלקית: Università di Pisa ובקיצור Unipi) היא אוניברסיטת מחקרציבורית בעיר פיזה שבאיטליה. האוניברסיטה נוסדה ב-1343 בהוראת האפיפיורקלמנס השישי, האוניברסיטה ה-19 בעתיקותה בעולם וה-10 בעתיקותה באיטליה. בנייני 11 הפקולטות של האוניברסיטה מפוזרים ברחבי העיר. האוניברסיטה כוללת 16 ספריות וכעשרים מוזיאונים ואת הגן הבוטני האקדמי העתיק ביותר באירופה (Orto botanico di Pisa, נוסד ב-1544). מטה האוניברסיטה שוכן בארמון ג'ורנטה (Palazzo alla Giornata) על גדות הארנו.
ב-1343 פרסם האפיפיור קלמנס השישי את הבולה "In supremae dignitatis", בה הכיר במוסד הלימוד שהיה קיים בפיזה (ה-Studium) כאוניברסיטה והגדיר את תחומי הלימוד כתאולוגיה, רפואה, חוק כנסייתי ואזרחי. ב-1403, עם כיבוש פיזה על ידי פירנצה נסגרה האוניברסיטה. היא נפתחה מחדש ב-1473 בתמיכתו של לורנצו דה מדיצ'י אולם ב-1494, עקב המלחמה עם פירנצה נאלצו פרנסי האוניברסיטה לסגור את שעריה בפיזה. פעילותה המשיכה בפיסטויה ופירנצה.
ב-1 בנובמבר1543 נפתחה האוניברסיטה מחדש בפיזה, בתמיכה קוזימו הראשון דה מדיצ'י, דוכס טוסקנה והפכה אחד ממוסדות הלימוד המובילים באירופה. לוקה גיני לימד ביולוגיה והקים את הגן הבוטני האקדמי הראשון באירופה, ממשיכו אנדראה קסלפינו (Andrea Cesalpino) היה הראשון שערך מיון מתודולוגי של עולם הצומח ועמד על קיומו של מחזור הדם משיקולים תאורטיים והיה הראשון שהניח כי קיים קשר בין מערכת העורקים למערכת הוורידים. את חקירותיו פרסם בספרו Quaestionum medicarum libri duo (ספר החקירה הרפואית, ונציה, 1593). תחום הרפואה והאנטומיה היה תחום מוביל באוניברסיטה ובין המרצים בתחום נמנה מרצ'לו מלפיגי, מייסד האנטומיה המיקרוסקופית, וההיסטולוג הראשון. הוא היה זה שגילה את רשת הנימים המחברות בין העורקים ובין הוורידים שחזה קבלפינו ובכך הניח את התשתית העובדתית לתורתו של ויליאם הארווי ותרם לגילוי מחזור הדם. אולם המרצה המפורסם והחשוב ביותר שלמד וכיהן באוניברסיטה כפרופסור למתמטיקה היה יליד העיר גלילאו גליליי.
עם כיבוש איטליה על ידי נפולאון הפכה האוניברסיטה לאקדמיה קיסרית וכזרוע של אוניברסיטת פריז. מבנה המוסד ותוכניות הלימוד הוכתבו על פי הנהוג בצרפת. ב-1813 נפתח בפיזה, בשל התשתית האקדמית שלה, ה-La Scuola Normale Superiore, סניף איטלקי של האקול נורמל סופרייר, מוסד יוקרתי ביותר להכשרת חוקרים, פרופסורים ועובדי מדינה בכירים.
ב-1840, לאחר סילוקה של צרפת, עברה האוניברסיטה רפורמה במסגרתה הועמד מספר הפקולטות שבה על שש (תאולוגיה, משפטים, ספרות, רפואה, מתמטיקה ומדעי הטבע). כן הוקמה הקתדרה הראשונה בעולם לאגרונומיה. ב-1848 השתתפו סטודנטים ומרצים ליברליים מהאוניברסיטה באירועי מרידות אביב העמים. עם הקמת ממלכת איטליה הייתה האוניברסיטה אחד ממוסדות התרבות המרכזיים. ב-1890 נפתח בה המכון הראשון לבלשנות היסטורית. בהמשך נוספו פקולטות לרוקחות ולהנדסה. בימי איטליה הפשיסטית הייתה האוניברסיטה מוקד אנטי-פשיסטי. לאחר המלחמה נוספו הפקולטות למדע המדינה, שפות וספרויות זרות וכלכלה.
