אייל כפכפי נולדה באביב 1941 בקיבוץ מעוז חיים שבעמק בית שאן. הוריה היו יצחק כפכפי, מורה, עורך ומתרגם ידוע, ופנינה. כפכפי למדה בקיבוץ וסיימה את לימודיה בתיכון המקומי. לאחר שירותה הצבאי יצאה ללמוד הוראה ב'סמינר אורנים' (כיום מכללת אורנים).
כפכפי נישאה בגיל צעיר לאברהם דגן, ילדה בת (כיום חוקרת השקנאים ד"ר מרווה שמואלי) והתגרשה תוך כשנה. באורנים הסתפחה לחבורת חוג אורנים, שמוריו הכריזמטיים ובעלי ההשקפות הרדיקליות, יגאל וגנר ומיכאל שטראוס, החלו לרכז סביבם. החוג מנה כמה עשרות תלמידים שיצרו מעגל שיח ופעולה. כפכפי נשארה נאמנה לחוג, לתורתו ולמוריו עד יומה האחרון.
מחקריה הראשונים נסבו על משנתו החינוכית של מרדכי סגל, שהיה מהמורים המשפיעים בתנועה הקיבוצית ובין מייסדי סמינר אורנים. לימים הוציאה ספר העוסק באיש ובתורתו החינוכית. לאחר שסיימה את לימודיה שילבה בחייה מחקר והוראה, באורנים ובאוניברסיטת חיפה. היא המשיכה את חברותה בקיבוצה חרף השינויים וההפרטה שעברה התנועה הקיבוצית. בשנותיה האחרונות השתדלה להשיג גם משרת מרצה במכללת כנרת.
ספרה החשוב הוא הביוגרפיה של פנחס לבון, "לבון – אנטי-משיח", שיצא לאור בהוצאת עם עובד וזכה להתעניינות רבה. כפכפי מיקמה את לבון לא מעט בעזרת עקרונות ההשקפה של חוג אורנים, המכונות 'תורת המחנות'. הביוגרפיה זכתה לשבחים בשל עומק המחקר האקדמי שהשקיעה בו. בין מחקריה שנדפסו מצוי ספרה על מרדכי סגל, על דמותו של יצחק טבנקין כמחנך, מחקר מקורי על מבצע קדש ועוד.
אייל כפכפי נהרגה בתאונת דרכים בדרכה לביקור משפחתי בחורף 2002 ונקברה בקיבוצה. מכללת אורנים מקיימת מושבי זיכרון עיוניים שנתיים לזכרה.
"שורש המחלוקת - הריב ההיסטורי בין תנועת העבודה והרוויזיוניזם" - עם יגאל וגנר. תל אביב, תשמ"ב-1982
לבון – אנטי-משיח, עם עובד תל אביב, ספרית זגגי לביוגרפיות, תשנ"ט 1998.
אמת או אמונה: (יצחק) טבנקין מחנך חלוצים, המרכז לחקר ארץ-ישראל וישובה של יד יצחק בן-צבי ואוניברסיטת תל אביב, תשנ"ב-1992.
מלחמת ברירה, הדרך לסיני וחזרה, 1956–1957, המאבק בין שתי אסכולות מדיניות בישראל בשנות החמישים, רמת אפעל, יד טבנקין - מכון ישראל גלילי לחקר מדיניות ההתיישבות, הביטחון והחוץ, עם העמותה למורשת משה שרת, תשנ"'ד-1994.
תמורות באידאולוגיה של הקיבוץ המאוחד בתקופת המלחמה הקרה 1944-1954, תל אביב, תשמ"ח-1988.
מדינה מחפשת עם: ביטול זרם העובדים בחינוך, הוצאת הקיבוץ המאוחד תל אביב, תשנ"א-1991.
כשתילי זיתים – שיטת התהליכים: משנתו החינוכית של מרדכי סגל ויישומה בבתי-הספר של הקיבוץ המאוחד, אוניברסיטת תל אביב, תשנ"ח-1998.
לקריאה נוספת
שלושים וחמישה מאמרים של אייל כפכפי, בשם איל כפכפי, רשומים בקטלוג של בית הספרים. אך רובם ככולם הובאו בששת ספריה.
