בתום עונת ההשאלה, זכה בואה מורטה להיות לאחת מהחתמותיו הראשונות של ארסן ונגר בארסנל, ולקראת עונת 1997/1998 הצטרף בואה מורטה לארסנל תמורת כ-1.75 מיליון ליש"ט. את הופעת הבכורה ערך בואה מורטה ב-23 באוגוסט1997, כשהחליף את מארק אוברמארס שלוש דקות לסיום ניצחון החוץ 1–3 על סאות'המפטון. כחודשיים אחר כך כבש את שעריו היחידים לאותה העונה, כשהשלים צמד לרשתה של בירמינגהאם סיטי בניצחון 1–4 בגביע הפוטבול ליג. בעונת הבכורה שלו רשם בואה מורטה 15 הופעות ליגה, רובן כמחליף, וארבע הופעות נוספות בגביע ה-FA, כאשר ארסנל השלימה זכייה בדאבל לאותה העונה. בואה מורטה לא שותף בניצחון על ניוקאסל יונייטד בגמר הגביע.
בואה מורטה פתח עם ארסנל את עונת 1999/2000 עם זכייה נוספת במגן הצדקה, שוב כמחליף בניצחון 1–2 על מנצ'סטר יונייטד. באוגוסט 1999, לאחר שתי הופעות ליגה כמחליף ומשלא הצליח להתברג להרכב באופן קבוע, עזב בואה מורטה את ארסנל וחתם במועדון של סאות'המפטון תמורת כ-500 אלף ליש"ט.
סאות'המפטון
כבר בהופעתו השנייה במדי סאות'המפטון, הורחק בואה מורטה בכרטיס אדום ישיר לאחר שנגע בידו על קו השער, בהפסד 2–3 למידלסברו. פול גאסקוין כבש את הפנדל שנשרק לחובתו של בואה מורטה. בחצי העונה הראשונה הצליח בואה מורטה להשתלב בסגל של הקבוצה, עם 11 הופעות, רובן כמחליף, ושער בכורה בפרמייר ליג. הגעתו של המאמן גלן הודל לקבוצה בחודש ינואר 2000 פגע משמעותית במעמדו של בואה מורטה בקבוצה. הוא נעלם כמעט לחלוטין מהרוטציה של המאמן, ועד לתום העונה הוסיף שלוש הופעות ליגה בלבד.
פולהאם
עונה לאחר מכן הושאל בואה מורטה לפולהאם מליגת המשנה. בואה מורטה קבע שיא קריירה אישי, ובפעם היחידה בקריירה כבש כמות דו-ספרתית של שערי ליגה. הוא היה לשחקן הרכב קבוע, ותרם 18 שערים ב-39 הופעות ליגה להעפלתה של פולהאם בחזרה לפרמייר ליג מהמקום הראשון בטבלה. היכולת הגבוהה שהפגין בואה מורטה בעונת ההשאלה, הביאה לרכישתו של השחקן על ידי פולהאם לקראת עונת 2001/2002, תמורת סכום של כ-1.7 מיליון ליש"ט ששולמו לארסנל כחלק מהסכם העברתו של בואה מורטה לסאות'המפטון. זאת, על אף התעקשותה של סאות'המפטון להשיבו לסגל בתום עונת ההשאלה. עם זאת, בשתי עונותיו הראשונות במדי פולהאם בפרמייר ליג, התקשה בואה מורטה לשחזר את היכולת וכבש בסך הכול שלושה שערי ליגה ב-52 הופעות.
הגעתו של המאמן הוולשיכריס קולמן לקבוצה בעונת 2003/2004 השפיעה לטובה על בואה מורטה, ששב להיות שחקן מרכזי יותר בחלק ההתקפי של הקבוצה, עם תשעה שערי ליגה ב-33 הופעות ויכולת גבוהה. בתום עונת 2004/2005, אשר גם במהלכה הפגין יכולת טובה עם שמונה שערי ליגה, התמנה לתפקיד קפטן הקבוצה במקומו של לי קלארק, שעבר לניוקאסל יונייטד, אשר התעניינה באותו הקיץ גם בהחתמת בואה מורטה עצמו. רגע השיא של בואה מורטה בעונתו הראשונה כקפטן היה שער הניצחון בדרבי המערב-לונדוני מול צ'לסי ב-16 במרץ2006, שהסתיים בניצחון 0–1 לפולהאם.
בינואר 2007, ולאחר שש וחצי עונות, סיים בואה מורטה את דרכו בפולהאם, לאחר שהיה לאחד מחביבי הקהל, שימש עונה וחצי כקפטן המועדון, וכבש 26 שערי ליגה ב-166 הופעות.
וסטהאם יונייטד
בואה מורטה חתם בקבוצת וסטהאם יונייטד תמורת כ-5 מיליון ליש"ט[1]. ב-6 בינואר, בהופעת הבכורה שלו במדי הקבוצה, בישל בואה מורטה פעמיים בניצחון 0–3 על ברייטון במסגרת הגביע האנגלי. את הופעת הבכורה שלו בליגה במדי הקבוצה ערך שבוע בדיוק לאחר מכן, דווקא מול קבוצתו לשעבר. הוא עלה בהרכב במשחק שהסתיים בשוויון 3-3 (צמד ליוסי בניון עבור וסטהאם). עד לתום העונה ערך 14 הופעות ליגה במדיה של וסטהאם, בהן כבש שער אחד. בשתי העונות הבאות היה לשחקן משמעותי ברוטציה, עם 27 הופעות ליגה בכל עונה, אך לא הצליח לכבוש שערי ליגה כלל בשתי עונות אלו.
ב-29 ביולי2009, במהלך ההכנות לעונת 2009/2010, ספג בואה מורטה פציעה קשה שהשביתה אותו כמעט לכל העונה. היה זה במהלך טורניר ברקליס אסיה בבייג'ינג, במשחקה של קבוצתו מול טוטנהאם הוטספר. פקקי הנעליים של בואה מורטה ננעצו בדשא, וכתוצאה מכך סובב בואה מורטה את הברך וסבל מקרע ברצועות. הוא שב למגרשים כתשעה חודשים לאחר מכן, במשחק במסגרת ליגת המילואים, והספיק לערוך הופעת ליגה אחת בלבד באותה העונה - בה גם כבש את שערה היחיד של קבוצתו בשוויון 1-1 מול מנצ'סטר סיטי ב-9 במאי2010. היה זה שערו הראשון במדי הקבוצה לאחר יותר משלוש שנים.
על אף שהחמיץ את רובה המוחלט של העונה זכה בואה מורטה, שחוזהו עמד לפוג באותו הקיץ, להצעת חוזה חדשה מבעלי הקבוצה. בואה מורטה חידש את חוזהו לשנתיים נוספות, והצהיר כי הוא מצפה לעבודה המשותפת עם מאמנה החדש של וסטהאם, אברהם גרנט. בפועל, המציאות לא האירה פנים לקבוצה. בואה מורטה ערך 22 הופעות ליגה באותה העונה, שבסיומה נשרה וסטהאם לליגת המשנה מהמקום האחרון בטבלה. עם תום העונה בוטל חוזהו של בואה מורטה בהסכמה הדדית, והוא סיים את דרכו במדי וסטהאם לאחר ארבע וחצי עונות. לזכותו שני שערי ליגה ב-91 הופעות במדי הקבוצה.
שלהי הקריירה
באוגוסט 2011, ולראשונה מאז 1997, עזב בואה מורטה את אנגליה והצטרף ללאריסה מליגת המשנה ביוון, שם התאחד עם מאמנו לשעבר בפולהאם, כריס קולמן. בינואר 2012, חצי שנה בלבד לאחר שהצטרף לקבוצה וכשלזכותו שבע הופעות ליגה בלבד, שוחרר בואה מורטה מהקבוצה עקב קשיים כלכליים אליהם נקלע המועדון.
ב-24 בינואר 2012, זמן קצר לאחר שעזב את לאריסה, עבר בואה מורטה לדרום אפריקה וחתם במדי אורלנדו פירטס. על אף שהקבוצה הפגינה יכולת טובה ואף זכתה באליפות בתום העונה, בואה מורטה התקשה להשתלב במועדון, ערך שלוש הופעות בלבד, מתוכן שתיים בהרכב, לפני שעזב את הקבוצה ב-14 במאי 2012, עוד לפני תום העונה.
לאחר שניסה את מזלו כנבחן בשורותיה של פורטסמות' מהליגה השלישית באנגליה, חתם בואה מורטה בצ'סטרפילד מהפוטבול ליג השנייה, שהיא הליגה הרביעית באנגליה. הוא הצטרף למועדון ב-10 באוקטובר2012 בחוזה לחצי עונה, והצהיר כי הדבר החשוב מבחינתו באותו הזמן הוא לשחק כדורגל. חברו לקבוצה לשעבר בתקופתו בפולהאם, מארק קרוסלי, היה באותו הזמן מאמנה של צ'סטרפילד. בואה מורטה ערך 12 הופעות ליגה בחצי העונה שלו בקבוצה, אך חוזהו לא חודש ובינואר 2013 שוחרר מהמועדון. הייתה זו קבוצתו האחרונה בקריירה, ולאחריה פרש ממשחק פעיל בגיל 36.
נבחרת פורטוגל
בעקבות יכולתו הגבוהה בעונת הבכורה בפולהאם, זומן בואה מורטה לסגל נבחרת פורטוגל על ידי המאמן אנטוניו אוליביירה. ב-25 באפריל2001 ערך בואה מורטה את הופעת הבכורה שלו במשחק ידידות מול צרפת. הוא עלה כמחליף בדקה ה-36, והוחלף בעצמו בדקה ה-87. פורטוגל הובסה בסיום בתוצאה 0–4. ב-14 בנובמבר, שבעה חודשים לאחר מכן, כבש בואה מורטה את שערו הראשון והיחיד במדי הנבחרת, במשחק הידידות מול אנגולה. בואה מורטה, שעלה כמחליף בשלהי המחצית הראשונה, כבש את שערה הרביעי של נבחרתו בדקה ה-51. זמן קצר לאחר מכן, במצב של 1–5 לפורטוגל, הופסק המשחק לאחר שאנגולה נותרה בשישה שחקנים, בעקבות הרחקתם של ארבעה שחקנים בכרטיסים אדומים, ושחקן נוסף שנפצע כאשר לנבחרתו לא נותרו חילופים.
לאחר הופעה זו, ובעקבות הירידה ביכולתו במדי פולהאם, נעדר בואה מורטה מהסגל למשך כשנתיים, תוך שהוא מחמיץ את הזימון למונדיאל 2002. על אף שחזר לסגל הנבחרת, לא הצליח בואה מורטה לתפוס מקום של קבע בהרכב. מירב הופעותיו היו כמחליף, והוא החמיץ גם את הזימון לטורניר יורו 2004 הביתי, בו הגיעה פורטוגל עד למשחק הגמר. באותו הקיץ זומן לסגל הנבחרת האולימפית לאולימפיאדת אתונה 2004. על אף הסגל הבכיר, שכלל בין היתר את כריסטיאנו רונאלדו, ז'וזה בוסינגווה, ריקרדו קושטה, ראול מיירלש ופרננדו מיירה, כשלה פורטוגל עם הפסדים לעיראק ולקוסטה ריקה, וניצחון בודד על מרוקו. בואה מורטה פתח בהרכב במשחק הראשון בו נוצחה פורטוגל 2–4 על ידי עיראק, ולא שב לשחק עוד בטורניר.
לאחר שרשם ארבע הופעות במסגרת מוקדמות מונדיאל 2006, זכה בואה מורטה לקבל זימון לטורניר גדול, כאשר נכלל בסגל של לואיס פליפה סקולארי למונדיאל 2006 בגרמניה. פורטוגל הבטיחה את העפלתה משלב הבתים לאחר שניצחה את צמד משחקי הפתיחה שלה. במשחק השלישי, בו גברה 1–2 על מקסיקו, עלה בואה מורטה להופעתו היחידה בטורניר, כאשר החליף את הקפטן לואיש פיגו בדקה ה-80 של ההתמודדות. פורטוגל המשיכה עד לחצי הגמר, תוך שהיא מדיחה את הולנד ואת אנגליה, לפני שהפסידה לצרפת בחצי הגמר ולמארחת גרמניה במשחק על המקום השלישי.
כשלושה חודשים לאחר הטורניר רשם בואה מורטה הופעה אחת במשחק ידידות מול דנמרק, שלאחריה נעדר כשלוש שנים מהסגל הפורטוגלי. הוא הוחזר לנבחרת ביוני 2009 על ידי קרלוס קיירוש, ורשם הופעה אחת במוקדמות מונדיאל 2010 בניצחון החוץ 1–2 על אלבניה. ארבעה ימים לאחר מכן, ב-10 ביוני 2009, רשם את הופעתו האחרונה במדי פורטוגל, במשחק ידידות מול אסטוניה.
בסך הכול ערך בואה מורטה 28 הופעות במדי הנבחרת, מתוכן שבע בהרכב הפותח, וכבש שער אחד.
קריירת אימון
לאחר פרישתו ממשחק פנה בואה מורטה לקריירה מקצועית, שהחלה בשנת 2013 כחבר צוות באימון קבוצת הנוער של פולהאם. שנה לאחר מכן שב לקבוצה בה גדל, ספורטינג ליסבון, כעוזר מאמן הנוער של הקבוצה. זמן קצר לאחר מכן, התמנה למאמן הראשי של קבוצת הנערים (עד גיל 19).
בשנת 2015 חזר לאנגליה כסקאוט עבור ארסנל, קבוצתו הראשונה כשחקן באנגליה. בפברואר 2017 קיבל הזדמנות ראשונה כמאמן ראשי, בקבוצת סינטרנשה מהליגה השלישית בפורטוגל, אך הוא סיים את תפקידו בקבוצה בתום העונה לאחר שזו סיימה שלישית בטבלת הבית, ולא העפילה לפלייאוף.
