עונת 1959/1960 בליגה הלאומית הייתה העונה החמישית של הליגה הלאומית כליגת הכדורגל הבכירה בישראל.
על ניצחון במשחק הוענקו שתי נקודות ונקודה בודדת הוענקה על תיקו. הליגה כללה 12 קבוצות. במידה והיה שוויון בנקודות, נקבע הדרוג בטבלה על פי יחס שערים. העונה החלה ב-19 בספטמבר 1959 והסתיימה ב-11 ביוני 1960. העונה הסדירה בפעם השנייה ברציפות הסתיימה בניצחון של הפועל פתח תקווה. המבקיע המצטיין של העונה היה רפי לוי ממכבי תל אביב שכבש 19 שערים.
בסיום העונה הפועל רמת גן ירדה לליגת המשנה ובמקומה לליגה הלאומית עלתה קבוצת שמשון תל אביב.
טבלת הליגה