A somlyói Báthory család sarja. Apja, somlyói Báthory András (†1563), szatmári kapitány, anyja, szunyogszeghi Majláth Margit volt. Anyai nagyszülei szunyogszeghi Majláth István (1502-1550), Erdély vajdája, és nádasdi Nádasdy Anna voltak. Anyai nagyanyának a fivére, báró nádasdi és fogarasföldi Nádasdy Tamás (1498–1562) országbíró volt. Apai nagyszülei, Báthory István (1477–1534) erdélyi vajdája és telegdi Telegdi Katalin (1492–1547) voltak. Az akkoriban Erdélyhez tartozó Partiumban családja birtokolta a somlyói mellett a szatmári és szinéri uradalmat is.
Báthory András a nagybátyja, Báthory István erdélyi fejedelem és lengyel király krakkói udvarában nevelkedett. Először Gyulafehérváron, majd 1578 és 1581 között a pułtuskijezsuitáknál tanult. Családja kívánságára egyházi pályára lépett, s már fiatalon, 1584-ben varmiai segédpüspök lett. Viharos gyorsaságú egyházi előmenetelét természetesen elsősorban nagybátyja, Báthory István befolyásának köszönhette. 1583-ban és 1586-ban Rómában járt. 1583-ban apostoli protonorátius, 1584. december 24-én bíboros lett. Báthory István halála után lehetséges lengyel királyként emlegették, de ez nem vált komollyá.
1599. március 30-án Báthory Zsigmond (annak ellenére, hogy András bátyját, Boldizsárt 5 évvel korábban megölette, és ezt követően viszonyuk megromlott) hazahívta Lengyelországból unokabátyját, és lemondott erdélyi fejedelmi címéről a javára, amit az csak nagy vonakodások után fogadott el. A medgyesiországgyűlés 1599. március 29-én fejedelemmé választotta, és Báthory András március 28-án letette a fejedelmi esküt.
II. Mihály havasalföldi fejedelem, aki 1595-ben még királyának ismerte el Báthory Zsigmondot, és az ő nevében helytartóként uralkodott Havasalföldön, 1598-ban Habsburg Rudolf hűbérese lett. Ennek ellenére 1599. június 28-án hűségesküt tett Báthory Andrásnak, majd Rudolf támogatásával 1599. október 17-én betört Erdélybe. Mihály maga mellé állította a székelyeket is, akiket Habsburg Rudolf több mint 100 000 arannyal megvett. 1599. október 28-án a Nagyszeben melletti Sellenberknél Mihály túlerőben levő serege a legyőzte Báthory Andrást.
Halála
A sellenberki csata után Báthory András Moldván keresztül Lengyelországba próbált menekülni, azonban Mihály vajda üldözőbe vette, és gazdag jutalmat ígért a székelyeknek a fejedelem elfogásáért vagy megöléséért. Csíkszentdomokos határában egy székely lófő, Balázs „Ördög” Mihály egyes források szerint október 31-én[1] más források szerint november 3-án[2] kegyetlen módon meggyilkolta, levágott fejét Gyulafehérvárra vitte Mihály vajdának. Báthory megcsonkított testét is Gyulafehérvárra szállították, ahol Mihály november 24-én díszes temetést rendezett neki, már csak azért is, hogy cáfolja a népnek azt a hitét, hogy a fejedelem szerencsésen elmenekült.
A gyilkosok nem kaptak jutalmat Mihály vajdától. VIII. Kelemen pápa a csíkszentdomonkosiakra egyházi átkot mondott ki, és száz évig tartó böjtre kötelezte őket. A gyilkosságot később Székely Mózes erdélyi fejedelem székely katonái megbosszulták; 1816-ban a gyilkosság helyén Puskás Tamás pap fakeresztet állított fel.
Markó László: A magyar állam főméltóságai Szent Istvántól napjainkig. 2., bőv., jav. kiadás. Bp., 2006
↑Szádeczky: Szádeczky Lajos: Erdély és Mihály vajda története 1595–1601. Temesvár: Csanád Egyházmegye. 1893.
Szekeres Lukács Sándor: Székely Mózes, Erdély székely fejedelme, Székelyudvarhely, 2007
További információk
Balló István: Báthory Endre bíbornok és erdélyi fejedelem halála; Györgyjakab Ny., Csíkszereda, 1899
Veress Endre: Báthory András b. püspök könyvtára; Athenaeum Ny., Bp., 1905
Magyar Zoltán: Báthori Endre alakja az erdélyi néphagyományban; Stúdium, Kolozsvár, 1998
Horn Ildikó: Báthory András; Új Mandátum, Bp., 2002 (Post scriptum)
Berki Anna: Lengyel püspökség, lengyel rokonság. Fejezetek az utolsó Báthoryak és a lengyel katolicizmus kapcsolatából; Magyar Egyháztörténeti Enciklopédia Munkaközösség–Historia Ecclesiastica Hungarica Alapítvány, Budapest, 2021
1Fivére távollétében csak mint vajda uralkodott. 2 Férje által kinevezett helytartó. 3Megválasztott erdélyi fejedelem, de beiktatásásra nem került sor. 4Ténylegesen nem uralkodott.