Giovanni Borgia 1474-ben vagy 1476-ban születhetett, Rómában, Rodrigo Borgia vatikáni bíboros, a későbbi VI. Sándor pápa és szeretője, Vannozza de Cattanei grófnő első vagy második gyermekeként. Világra jöttekor anyja Domenico da Rignano felesége volt.
Két fivére volt, Cesare (egyes korabeli források szerint ő volt a legidősebb fiú a családban) és Gotfrid, továbbá egy húga, Lucrezia, akit apjuk mindig aszerint házasított ki, ahogy saját aktuális politikai érdekei kívánták.
Felesége, hercegi rangja
1493 szeptemberében Giovanni, akárcsak testvérei, diplomáciai előnyök okán is kénytelen volt apja utasításának megfelelően megházasodni. Elhunyt féltestvére, a valenciai Pedro Luis jegyesét, María Enriquez de Lunát vette feleségül. Giovanni megkapta a Gandía 2. hercege, Sessa hercege, és Nápoly főbírája címet, valamint a pápai állam haderejének vezetője lett. Két gyermeke született, Giovanni (később Gandía harmadik hercege lett) és Isabella (apáca lett belőle).
Meggyilkolása
Giovanni Borgia holttestének megtalálása
1497. június 14-e éjszakáján Giovannit meggyilkolták Róma Piazza della Guidecca negyedének közelében. Gazdag öltözetben emelték ki holttestét a Tiberis folyóból, derékszíján érintetlen erszényével, melyben 30 aranydukátot találtak megtalálói. Halálának pontos körülményei még több mint 500 év után sem tisztázódtak teljesen, ugyanis a gyilkosság időpontjában csak egy kísérő volt vele, akit ugyancsak megöltek a támadók, más szemtanúja pedig állítólag nem volt az esetnek. Állítólag a bűntényt maga a herceg öccse, Cesare követte el, mivel állítólag gyűlölték egymást, s mindketten ugyanazzal a nővel kezdtek intim viszonyba – saját öccsük, Gotfrid feleségével, Aragóniai Sancia hercegnővel, II. Alfonz nápolyi király leányával. (Sancia fivére, Alfonz lett Lucrezia Borgia második férje.) Más feltételezések szerint a gyilkosságot nem is Cesare, hanem öccse, a felszarvazott és büszkeségében megsértett Gotfrid követte el.
