A Wikifajok tartalmaz Jakoba témájú rendszertani információt.
A Jakoba az Excavata génusza,[1][2] és 1 leírt fajt tartalmaz, a David J. Patterson által 1990-ben leírt Jakoba liberát,[3] és a holland algológus, miológus és lichenológus Jakoba Ruinenről lett elnevezve[4] (a korábban Jakoba incarcerata nevű faj neve Andalucia incarcerata lett, a Jakoba bahamensist formálisan nem írták le).[5]
Jakoba libera, fáziskontrasztos fénymikrográf egy típuskultúra élő sejtjéből
Megjelenése és jellemzői
A Jakoba génusz tagjai a Jakobida rend kis bakterivor ostorosai rendből tengeri[6] és hipersós környezetekben.[5] Kétostoros szabadon úszó, 5-10 μm hosszú sejtek. A sejtek hosszanti tengelyük mentén forognak az egyenes vonalú úszáshoz,[6] kivéve alakváltozás esetén. Táplálkozáskor a vízoszlopból a hátulsó ostor által létrehozott vízáramlattal távolítják el a baktériumokat, így azok a sejt jobb ventrális oldalán lévő vájatban összegyűlnek,[7] segítve a táplálék bevitelét és az azt körülvevő vakuólumok létrejöttét.[7]
Ultraszerkezet
A Jakoba sejtalkotói nem különösen egyediek. Egy sejtmagvuk van az ostoralapokhoz közel, egy Golgi-készülékük, és a mitokondriális cristák laposak, így feltehetően más platikrisztát taxonokkal rokon. A mitokondriumok baktériumszerű genomjaik miatt keltenek jelentős érdeklődést. Kiderült, hogy a mitokondriális genomjuk sokkal több funkcionális gént tartalmaz más eukarióta csoportoknál, és a bakteriális RNS-polimerázt is megtarthatták, melyet más mitokondriummal rendelkező eukarióták esetén a virális váltott fel. A Jakobida mitokondriális genomja elsődlegesen összetett, mivel a bakteriális ősökhöz jobban hasonlít más ismert mitokondriumoknál.[8]
A Jakoba libera ATCC 50422 mitokondriális genomja 96,6 kbp méretű. A szekvenálás majdnem kész. 2012-ig 77 gént azonosítottak, egyikükben sincs intron. Az intergénikus régiók a genom mintegy 30%-át adják, és tandem ismétlődések csoportjait tartalmazzák, melyek egységhossza mintegy 20 bp. Mindkét DNS-szálon vannak átírt gének. A standard genetikai kód használatos transzlációra. A kódolt gének közé tartoznak a mitokondriális DNS-ben gyakran szereplők, például a nad1, 2, 3, 4, 4L, 5, 6, cob, cox1, 2, 3, atp6, 8, 9, valamint a nagy (rnl) és kis (rns) rRNS-gének, valamint több mint 22 tRNS-gén. Ezenkívül számos protisztákra jellemző, állatokra és gombákra nem jellemző gén is jelen van, ilyenek a nad7, 9, 11, az atp1, az rpl2, 5, 6, 14, 16 és az rps2-4, 11-14 és 19. Számos egyedi ORF is jelen van a J. libera mtDNS-ében. Számos mitokondriális génje ritka vagy nincs jelen más mitokondriális genomokban, de bakteriálisakban gyakori. Ilyen például a dpo, az rpoB, C, az rrn5, az rnpB, a tufA, a yejU–W, valamint számos riboszómásfehérje-gén. A génsorrend alapján a baktériumokban nem fellelhető csoportok a protomitokondrium baktériumoktól való kiválásával jelentek meg. Ilyenek például az sdh3–nad5 ötgénes csoport, az atp8-[trn]-rps4-atp9 és az nad11-nad1-cox11-cox3-tufA is.[9]
A Jakoba libera nem rendelkezik azonban bizonyos mitokondriálisan kódolt bakteriális génekkel, például két RNS-polimeráz génje, az rpoA és az rpoD nincs benne,[10] a Jakoba bahamensis mitokondriális genomja nem tartalmazza az rpl34 és rpl35 géneket.[10]
Kultúrák
Jelenleg 3 kultúraképzésre elérhető Jakoba libera-törzs van. Ezek nem növekedhetnek más fajokba tartozó élőlény nélkül, de kevés hozzáadott Klebsiella aerogenes esetén már igen.[6]
↑Rodriquez-Ezpeleta, Naiara (2007. augusztus 1.). „Toward Resolving the Eukaryotic Tree: The Phylogenetic Positions of Jakobids and Cercozoans”. Current Biology17 (16), 1420–1425. o. DOI:10.1016/j.cub.2007.07.036. PMID17689961.
↑Simpson, A. G. B., Patterson, D. J. (2001). „On core jakobids and excavate taxa: the ultrastructure of Jakoba incarcerata”. J. Euk. Microbial.48, 480-492. o. DOI:10.1111/j.1550-7408.2001.tb00183..x
↑Patterson, D. J. 1990. Jakoba libera (Ruinen, 1938) a heterotrophic flagellate from deep oceanic sediments. Journal of the Marine Biological Association, U.K. 70: 381-393
↑ abGertraud Burger, Matthew W. Gray, Lise Forget, B. Franz Lang (2013. január 18.). „Strikingly Bacteria-Like and Gene-Rich Mitochondrial Genomes throughout Jakobid Protists”. Genome Biol Evol5 (2), 418–438. o. DOI:10.1093/gbe/evt008. PMID23335123. PMC3590771.
