1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2022. május 14. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2021. június 17.
A Salzburg melletti Mattsee városában felcseperedő fiatal Baumgartlinger a helyi csapatban, az USC Mattsee-ben kezdett focizni, majd 2001-ben, 13 évesen bekerült a német 1860 München akadémiájára. A müncheni kékeknél ezután végigjárta a korosztályos csapatokat, majd 2006 őszén debütált a második számú csapatban a német harmadosztályban.[1] Egy év múlva bekerült a másodosztályban szereplő első számú csapat keretébe. Első mérkőzését novemberben, a Borussia Mönchengladbach ellen játszotta.[1] Az felnőtt csapatnál töltött két idény alatt viszont mindössze 13 alkalommal léphetett pályára, így 2009 nyarán egy jelképes összegért hazaszerződött Ausztriába, az Austria Wien csapatához.
Austria Wien
Új csapatában a 21 éves Baumgartlinger hamar alapemberré vált, szinte minden mérkőzésen eredeti pozíciójában, védekező középpályásként játszott. Az osztrák Bundesligában a Lask Linz ellen debütált 2009 augusztusában. Szeptemberben a portugál CD Nacional ellen bemutatkozhatott az Európa-ligacsoportkörében.[1] Igaz, a bécsiek csoportjuk utolsó helyén végeztek. Viszont a Bundesliga szezont végül a második helyen zárta a csapat. 2010 nyarán a Ruch Chorzów elleni Európa-liga selejtezőn két gólt is szerzett, de ez alkalommal nem sikerült bejutniuk a főtáblára.[2] Novemberben a Kapfenberg megszerezte első (és egyetlen) Bundesliga-gólját.[2] A bécsi csapat az idényt a bajnoki harmadik helyen zárta.
1. FSV Mainz 05
A még mindig csak 23 éves játékosra a német Bundesliga egyik középcsapata, a Mainz csapott le, és vásárolta ki 1 millió euró ellenében. Új klubjának edzője, Thomas Tuchel gyorsan bizalmat szavazott neki, így hamar a kezdőcsapatban találta magát. Első bajnoki mérkőzését 2011 szeptemberében, a Freiburg ellen játszotta.[1] Első idényében öt gólpasszt is jegyzett. A következő idényben is meggyőzően teljesített, csupán két mérkőzésen nem szerepelt eltiltás miatt. 2012 augusztusában gólt szerzett a német kupaelső körében a Roßbach/Verscheid ellen.[2] 2013 októberében egy Bayern München elleni bajnokin súlyos térdsérülést szenvedett, így a szezon egészét ki kellett hagynia.[3] A 2013-14-es idénybenNikolče Noveski hosszú sérülése miatt többször is ő húzhatta fel a csapatkapitányi karszalagot. Egy évvel később, a rutinos macedón távozásával ő lett a csapatkapitány. A hatodik helyen végző Mainzban Baumgartlinger kiemelkedő teljesítményt nyújtott, a Kicker osztályzatai alapján ő volt a kapus, Karius után a csapat második legjobb játékosa.[4] Az idény során gólt lőtt a Schalke-nak és Werder Bremennek.[2]
Bayer Leverkusen
Öt Mainzban eltöltött szezon után, élete legjobb formájában a 28 éves Baumgartlinger 2016 nyarán átigazolt a Bundesliga egyik élcsapatához, a Bajnokok ligájában is érdekelt Bayer Leverkusenhez.
Augsburg
2022. augusztus 16-án egy szezonra aláírt az Augsburg csapatához.[5]
Válogatottság
Baumgartlinger fiatalkora óta több korosztályos osztrák válogatottban is szerepelt. Az U19-es csapattal részt vett a 2007-es Európa-bajnokságon, de nem jutottak túl a csoportkörön.
2009. szeptember 9-én debütált a felnőtt válogatottban egy Románia elleni világbajnoki selejtezőn.[6] 2014 nyarán, egy Csehország elleni felékszülési mérkőzésen szerezte meg első válogatott gólját.[7] Tagja volt a 2016-os franciaországiEurópa-bajnokságra utazó osztrák keretnek. A meglepetésre a csoportkörben búcsúzú osztrák válogatott mindhárom mérkőzését végigjátszotta.