1 A felnőtt klubokban játszott mérkőzések és gólok csak a bajnoki mérkőzések adatait tartalmazzák. Utolsó elszámolt mérkőzés dátuma: 2014. július 29. 2 Utolsó elszámolt válogatott mérkőzés dátuma: 2014. július 29.
1997-ben Boa Morte 1,75 millió fontért az Arsenalhoz szerződött. Egyike volt Arséne Wenger első igazolásainak. 1997. augusztus 23-án lépett először pályára a londoniaknál, egy Southampton elleni találkozón. Az 1997/98-as szezonban az Ágyúsok megnyerték a bajnokságot és az FA Kupát is. Boa Morte a Premier League-ben 15-ször, a kupában négyszer lépett pályára, a döntőn nem vett részt.
A következő idényben meglehetősen gyakran bekerült a keretbe, gyakran csereként kezdte a mérkőzéseket. Néhányszor a Bajnokok Ligájában is pályára léphetett, köztük egy Panathinaikósz elleni meccsen is, ahol gólt is szerzett. Utoljára 1999. augusztus 14-én, a Sunderland ellen játszott az Arsenalban.
Southampton
Mivel az Arsenalnál nem tudta magát beverekedni a kezdőbe, Boa Morte a több játéklehetőség reményében a Southamptonhoz igazolt. A piros-fehérek körülbelül 500 000 fontot fizettek érte. Második meccsén, a Middlesbrough ellen kézzel ütött ki egy labdát a gólvonalról, ami miatt kiállították. A megítélt büntetőt Paul Gascoigne gólra váltotta, amivel a Boro 3-2-re nyert.
2000 januárjában Dave JonestGlenn Hoddle váltotta a menedzseri poszton, aki alig-alig adott lehetőséget Boa Morténak. Hoddle érkezése után mindössze háromszor lépett pályára a Szenteknél. 2000 nyarán próbajátékra ment a Fulhamhez. A fehér mezesek később kölcsönvették, majd véglegesen is leigazolták.
Boa Morte minden sorozatot egybevéve 17-szer kapott lehetőséget a Southamptonnál és egy gólt szerzett, egy Watford elleni találkozón.
Fulham
Első, Fulhamnél töltött szezonjában Boa Morte 39 bajnoki meccsen játszott és 18 gólt szerzett, amivel nagyban hozzájárult ahhoz, hogy a londoniak 101 ponttal megnyerték a másodosztályú bajnokságot. Ekkor még csak kölcsönben szerepelt a csapatban, de remek teljesítménye miatt véglegesítették a szerződését a Craven Cottage-en.
A Premier League-ben az első két idényben nem sikerült megismételnie a másodosztályban nyújtott remek teljesítményét és mindössze három gólt szerzett. A 2003/04-es szezontól azonban ismét régi önmagát idézte és ezután átlagosan nyolc gólt lőtt szezononként. A 2004/05-ös idény után az év játékosának is megválasztották.
2007 telén a West Ham Unitedhez igazolt, ahol három és fél éves szerződést kapott. A csapatok nem hozták nyilvánosságra az átigazolás összegét, de úgy tudni, 5 millió fontot fizettek érte a Kalapácsosok. Egy Brighton & Hove Albion elleni FA Kupa-meccsen debütált a WHU-nál és két gólpasszt adott. A Premier League-ben éppen a Fulham ellen játszhatott először új csapatában. 2007. április 28-án, a Wigan Athletic ellen szerezte meg első és máig egyetlen gólját a West Hamben.
