Az ő idejében a PSV Eindhoven erős csapatnak számított az európai kupaporondon, Ruud van Nistelrooy is a klub kötelékébe tartozott. Az 1998-99-es szezonban éktársával együtt Nilis összesen 55 bajnoki gólt szerzett, ezzel Van Nistelrooy a liga gólkirálya lett, míg vetélytársa a második helyen végzett.
Amikor még Ronaldo a piros-fehéreknél játszott, Nilis kétszer is elhódította a gólkirályi címet, 1996-ban és 1997-ben is.[1]
Nilis 56 alkalommal játszott hazájáért, 10-szer volt eredményes. Kint volt a válogatottal az 1994-es és az 1998-as világbajnokságon, valamint a 2000-es Európa-bajnokságon, melyet Belgium Hollandiával közösen rendezett.
Nilis fia, Arne jelenleg a PSV tartalékcsapatában játszik, Nilis pedig 2011 januárjától a Kasimpasaspor nevű török egyesület segédedzője.