A várost az Égei-tengeri Phókaiából, a mai İzmir tartományból érkezett görög hajósok alapították Kr. e. 600-ban Μασσαλία (Masszalía) néven. Erről az időszakról keveset tudunk, csak legendák maradtak fenn. Később az etruszkok, a karthágóiak és a kelták fenyegetése miatt a rómaiakkal szövetkeztek. Ez fellendítette a kereskedelmet, mivel Masszalia közvetítő szerepet játszott a római és a gall piac között. Függetlenségét Julius Caesar alatt vesztette el, miután egy polgárháborúban rossz oldalra állt.
A 19. században az ipari fejlődés és a francia gyarmatosítás fellendítette a tengeri kereskedelmet, ami hozzájárult a kikötőváros fejlődéséhez. Itt rendezték meg 1906-ban és 1922-ben az első nagy sikerű francia gyarmati kiállításokat.
1962-ben több százezer elkeseredett Algériából hazatelepülő érkezett a városba, rányomva bélyegét a közhangulatra.
A régi kikötő (Vieux-Port de Marseille) az egyik főutca, a La Canebière végén van. Az ókortól kezdve a város természetes kikötője volt, és környéke ma is Marseille népszerű helye. A város Fos nevű kikötője az ország fő kereskedelmi kikötője. Két fő része van: Marseille északi részén, a La Joliette-től az l'Estaque-ig, valamint Fos-sur-Mer-ben.
↑Marignane (13) (french nyelven). Fiche Climatologique: Statistiques 1981–2010 et records. Meteo France. [2018. március 10-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2018. március 10.)
↑Marseille–Obs (13) (french nyelven). Fiche Climatologique: Statistiques 1981–2010 et records. Meteo France. [2018. március 10-i dátummal az eredetiből archiválva]. (Hozzáférés: 2018. március 10.)