1913. június 15-én fiatalok egy csoportja (többek közt Antônio Miguez, José Batista Pavão, Edmundo Martins, Nestor Ferreira Lima, Gervásio Pimentel, és Cleto Santos) alapította meg a klubot, mivel a meglévő városi labdarúgó csapatban nem tudtak szerepelni.
Hivatalosan ez év június 21-én keresztelték el a csapatot Juventude e Vigor névre és zöld-fehér szerelésben léptek pályára.
1914. február 10-én vették fel a Rio Branco Football Club nevet, majd 1917. május 20-án a klub színeit fekete-fehérre cserélték.
1918-ban sikerült megszerezniük első trófeájukat az állami bajnokságban.
1934-1939-ig hat alkalommal szerezték meg egymás után az állami bajnoki címet, amit azóta sem sikerült felülmúlni egyetlen csapatnak sem.
Az Atlético nevet 1941. március 18-án vették fel, amely a mai napig is az egyesület megnevezése.
A csapat mindig meghatározó szerepet játszott a Capixaba bajnokságban, de az 1985-ös sikert követően hullámvölgybe került és legközelebb 25 év elteltével abszolválták újra a bajnoki címet 2010-ben.
