Életrajzának első közlője, Skaricza Máté szerint Szegeden született. Gyermekkorában hamar megmutatkozott tehetsége, tanult szülővárosában, majd Lippán és Gyulán. 1535-től Bécsben, 1537 tavaszától pedig Krakkóban tanult, ahol végül segédtanárként is működött, és onnan már mint református tért haza 1540-ben.
Reformátori pályáját Csanádon kezdte el. A templomban és az iskolában is hirdette az új tanokat, és emiatt hamarosan el is üldözték Csanádról, sőt, a legnagyobb bánatára 200 könyvétől is megfosztották. 1545-ben Gyulára hívták, az ottani iskola vezetését bízták rá. Itt könnyebben élhetett, de csak egy évig maradt. 1546-ban Ceglédre került, ahol két és fél évig működött templomban és iskolában, itt is nősült meg 1548-ban.
Ezután egy ideig állás nélkül volt, míg 1549-ben Temesvárra ment tanárnak. Mint ilyen valószínűleg részt vett a Toronyon 1549. és 1550. évben tartott zsinatokon. 1551-ben elüldözték Temesvárról, így előbb Mezőtúron – ahol felesége sírja is található –, majd 1552-ben Békésen kapott lelkészi és tanári hivatalt, ahol hitéért fogságot is szenvedett. Beszédei miatt mindenki ráfigyelt, és az iskolában is korábbi szokása szerint a tanulóknak számos előadást tartott.
1552 végén Békésről Tolnára került, ahol megint leginkább az iskolában működött. 1554 elején Laskóra hívták, és még abban az évben a baranyai kerület szuperintendensévé választották. 1558-ban Kálmáncsára ment lelkésznek, s az ennek a vidékén levő egyházak felett tovább folytatta püspöki tisztét.
1561-ben esett török fogságba, ahonnan először követség útján (egy kristályserlegért cserébe) próbálták kiszabadítani, de végül Mező Ferencné segítségével, 1200 forintért szabadult ki a törökök fogságából 1563-ban. Ekkor egy hosszas körút után került Ráckevére, ahol mint az ottani egyház lelkésze és az alsó-dunamelléki kerület egy részének szuperintendense működött. Itt mindjárt 1564. nagy vitája volt egy Panthanus nevű baráttal, aki szégyennel távozott.
Később az egész egyházkerület az ő keze alá jutott és ott is maradt 1572. május 2-án történt haláláig.
Tanításai kezdetben megmaradtak a lutheri tanok keretei között, 1558-ban azonban tanítványával, Thúri Farkas Pállal együtt a svájci reformáció tanai mellett állt ki. Megindította azt a folyamatot, amely a református egyház szervezeti önállóságához vezetett.
Művei
Assertio Vea De Trinitate Contra quorundam deliramenta quae ex Serveti aliorumque phanaticorum hominum opinionibus nunc primum in quibusdam Hungariae partibus exorta ac publicata sunt. Genevae, 1573 (újabb kiadása. Uo. 1576)
Speculum Romanorum Pontificum... Uo. 1584 (2. kiadás 1586., 3. k. 1592., 4. k. 1602. Uo.)
Theologiae Sincerae Loci Communes De Deo Et Homine Perpetuis explicati Tabulis & Scholasticorum Dogmatis illustrati... Basiliae, 1585 (2. kiadás 1588., 3. k. 1593., 4. k. 1599., 5. k. 1608. Uo.)
Confessio verae fidei de uno vero Deo. Uo. 1588 (előbbi 2-5. kiadásának függeléke)
Tabulae Analyticae... Schaffhausen, 1592 (2. kiadás London, 1593. 3. k. Basel, 1599., 4. k. 1610. Uo.)
Öt énekét sokáig énekelték a magyar protestáns templomokban, sőt egy ma is előfordul úgy az ev., mint a ref. énekeskönyvekben (Jövel Szentlélek Isten...).
2017 júniusában a reformáció 500. évfordulója alkalmával Szegedi Kis István európai hírű teológusnak, Temesvár reformátorának szobrot állíttattak. A református templompalota falát díszítő Szegedi Kis István bronz mellszobor Lapis András szobrászművész alkotása.[1]
Új magyar életrajzi lexikon. Főszerk. Markó László. Bp., Magyar Könyvklub
Új magyar irodalmi lexikon. Főszerk. Péter László. Bp., Akadémiai Kiadó, 1994
Zoványi Jenő: Magyarországi protestáns egyháztörténeti lexikon. Szerk. Ladányi Sándor. 3. jav., bőv. kiadás. Budapest: Magyarországi Református Egyház Zsinati Irodája. 1977. ISBN 963-7030-15-8
Földváry László: Szegedi Kis István élete s a Tisza-Duna mellékeinek reformácziója; Hornyánszky Ny., Bp., 1894
Skaricza Máté: Szegedi István élete; ford. Faragó Bálint; Kanyó Ny., Mezőtúr, 1906
Kathona Géza: Fejezetek a török hódoltsági reformáció történetéből; Akadémiai, Bp., 1974 (Humanizmus és reformáció)
Miskei Antal: Skarica Máté és kora; ford. Babits Péter; Sophia Nostra, Ráckeve, 2017 (Ráckeve történelmi és turisztikai értékei)
Szegedi Kis István: A tiszta teológia főrészei Istenről és az emberről. Összefüggő táblázatokban magyarázva és a tudósok tanításaival szemléltetve. Fordította, jegyzetekkel ellátta, a filológiai elemzést végezte, az utószót írta Buzogány Dezső. Kiadja az Erdélyi Református Egyházkerület, Kolozsvár, 2022. 580 oldal.