Setelah kemerdekaan negara Republik Indonesia, urusan karantina pertanian berada di bawah tanggung jawab Departemen Pertanian dengan fungsi karantina hewan, karantina ikan, dan karantina tumbuhan berada di bawah unit yang berbeda. Pada tahun 2001, Keputusan Presiden Nomor 58 Tahun 2001 menyatakan bahwa Badan Karantina Pertanian sebagai unit eselon Ia di Departemen Pertanian, yang terdiri atas unsur karantina hewan dan karantina tumbuhan.[3] Sementara itu, unsur karantina ikan dipindahkan dari Departemen Pertanian ke Departemen Kelautan dan Perikanan sebagai Badan Karantina Ikan, Pengendalian Mutu, dan Keamanan Hasil Perikanan (BKIPM) pada 27 September 2001.
Sejak tahun 2008, tepatnya setelah terbit Peraturan Menteri Pertanian Nomor 22/Permentan/OT.140/4/2008 tentang Organisasi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis Karantina Pertanian, terjadi penggabungan antara karantina hewan dan karantina tumbuhan menjadi karantina pertanian dalam kerangka operasional di lapangan.Mulai saat itu, terbentuk 52 unit pelaksana teknis karantina pertanian yang tersebar di seluruh Indonesia.[3]
Setelah puluhan tahun diterapkan, beberapa ketentuan dalam Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992 dianggap sudah tidak sesuai dengan perkembangan dan kebutuhan hukum di masyarakat sehingga periu diganti. Oleh karena itu, pada tahun 2019 diterbitkan Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2019 tentang Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan untuk menggantikan Undang-Undang Nomor 16 Tahun 1992. Pada tahun 2023, Badan Karantina Pertanian dan BKIPM digabungkan menjadi Badan Karantina Indonesia, sebuah lembaga pemerintah nonkementerian yang bertanggung jawab langsung di bawah Presiden Indonesia.[4]
Tugas dan fungsi
Badan Karantina Pertanian mempunyai tugas menyelenggarakan perkarantinaan pertanian dan pengawasan keamanan hayati. Dalam melaksanakan tugas tersebut, Badan Karantina Pertanian menyelenggarakan fungsi:[5]
Penyusunan kebijakan teknis, rencana dan program perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati;
Pelaksanaan perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati;
Peningkatan sistem perkarantinaan hewan dan tumbuhan serta pengawasan keamanan hayati;
Pemantauan, evaluasi dan pelaporan pelaksanaan perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati;
Pelaksanaan administrasi Badan Karantina Pertanian; dan
Pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.
mencegah keluar atau masuknya tumbuhan dan satwa liar, tumbuhan dan satwa langka, serta sumber daya genetik dari wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia atau antararea di dalam wilayah Negara Kesatuan Republik Indonesia yang tidak sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Susunan organisasi
Susunan organisasi kantor pusat Badan Karantina Pertanian yaitu:[7]
Pimpinan: Kepala Badan Karantina Pertanian
Sekretariat Badan
Bagian Umum
Pusat Karantina Hewan dan Keamanan Hayati Hewani
Pusat Karantina Tumbuhan dan Keamanan Hayati Nabati
Pusat Kepatuhan, Kerjasama, dan Informasi Perkarantinaan
Pimpinan
Tabel di bawah ini berisi daftar orang yang pernah menjabat sebagai Kepala Badan Karantina Pertanian.
Badan Karantina Pertanian juga memiliki unit pelaksana teknis (UPT) yang bertugas melaksanakan kegiatan operasional perkarantinaan hewan dan tumbuhan, serta pengawasan keamanan hayati hewani dan nabati di seluruh wilayah Indonesia. Daftar UPT Karantina Pertanian tersebut yaitu:[12]
