Kisah dalam trilogi His Dark Materials ini berlangsung di antara multiverse, atau jagat raya-jagat raya. Dalam Kompas Emas, buku ini berlokasi di sebuah "dunia seperti dunia kita, tetapi berbeda dalam banyak hal": mode pakaian dan literaturnya mirip dengan era Victoria; dan zeppelin sebagai kendaraan mewah layaknya pesawat terbang. Perbedaan yang paling mencolok adalah bahwa segala sesuatunya di bawah kontrol gereja atau Magisterium, lembaga agama yang menggantikan Kepausan. Dengan kata lain, tidak ada reformasi Protestan di dunia ini.
Selain itu, salah satu aspek penting dalam trilogi ini adalah dæmon. Dæmon merupakan manifestasi dari tiap-tiap Jiwa manusia. Sewaktu seorang manusia belum mengalami akil balig, maka dæmon mereka mempunya kemampuan untuk berubah bentuk sesuai dengan emosi manusia masing-masing; namun ketika seseorang sudah sepenuhnya dewasa (akil balig), maka dæmon mereka akan mengambil wujud tetap seumur hidup. Bentuk sejati dæmon ini mencerminkan kepribadian masing-masing tokoh. Dæmon bisa berkomunikasi dengan manusianya. Tetapi dæmon tidak bebas; ada beberapa tabu yang mengikat mereka, antara lain adalah tabu bagi manusia untuk menyentuh dæmon orang lain, dan tidak lazim bagi dæmon seseorang untuk berbicara dengan orang lain. Dæmon juga tidak bisa pergi jauh dari manusia masing-masing, kecuali dæmon penyihir yang bisa meninggalkan tubuh manusianya tanpa terikat oleh jarak. Namun dæmon bisa dipotong: Pada Kompas Emas dikisahkan terdapat guillotine khusus yang dapat memutuskan hubungan dæmon dengan tubuh manusianya. Meskipun demikian, presentasi kematian akibat pemotongan ini sangat tinggi, dan jikalau berhasil sekalipun manusia tersebut akan bersikap seperti zombie dan tidak dapat merasakan emosi manusianya.
Hanya beberapa dunia saja yang jiwa-jiwa manusianya bisa bermanifestasi menjadi dæmon.
Teknologi di trilogi ini juga sangat canggih. Meskipun dunia Kompas Emas dalam beberapa segi berteknologi kuno, tetapi pada beberapa segi teknologinya jauh lebih hebat daripada dunia kita. Semisal sebuah senjata dalam Teropong Cahaya yang mirip bom. Bom ini bisa mengejar korbannya menembus dunia-dunia hanya dengan DNA semata. Di Teropong Cahaya kita juga dikenalkan dengan Pesawat Benak, kendaraan canggih yang mempunyai energi potensial tinggi. Tetapi kendaraan ini dibuat di dunia lain, maka bisa saja bahwa alat ini tidak diciptakan oleh manusia dari dunia Kompas Emas.
Lyra Belacqua dan dæmonnya, Pantalaimon, yang tinggal di Akademi Jordan di Oxford dunianya, secara tidak sengaja mendengar informasi mengenai Debu, suatu partikel dasar yang dipercayai oleh Magisterium sebagai bentuk fisik Dosa Asal. Demi menguak rahasia Debu, Magisterium memerintahkan penculikan anak-anak oleh para Pelahap dan melakukan eksperimen mematikan di daratan beku Kutub Utara. Kala temannya, Roger Parslow, diculik, Lyra melakukan perjalanan untuk menyelamatkannya dari bahaya tersebut. Ia dibantu oleh seorang panserbjørne (beruang berbaju besi) bernama Iorek Byrnison, aeronaut dari Denmark Baru bernama Lee Scoresby, kaum Gipsi yang dikepalai John Faa serta Farder Coram, dan kaum Penyihir klan Danau Enara yang dipimpin oleh ratu Serafina Pekkala. Namun, setelah berjuang mati-matian dan menghadapi berbagai pertempuran, Roger tewas di tangan ayah Lyra, Lord Asriel, seorang ilmuwan yang berhasil membuat jembatan menembus dunia lain melalui Aurora, demi menghancurkan Debu. Lyra kemudian mengikuti jejak ayahnya bersama Pantalaimon, dengan tekad sebaliknya: menyelamatkan Debu.Namun dalam perjalannya ternyata Lyra menjumpai fakta bahwa Lor Asriel ternyata adalah ayah kandungnya dan Mrs Coulter adalah ibunya. Yang menurut Lyra bahwa kedua orang tuanya betindak sebagai penjahat, ketika Lyra tiba di kutub Utara ia hanya bersama Pantalaimon dan kedua orang tuanya telah menghilang entah ke mana. Ketika itulah Lyra telah menyadari akan jati dirinya sebagai pembaca alethiometer yang akan sangat berpengaruh di dunia
Will Parry, bocah dari dunia kita yang berumur dua belas tahun, menemukan sebuah pintu menuju dunia Cittàgazze, dunia lain yang terkesan religius, setelah membunuh seorang pria demi melindungi ibunya, pengidap Skizofrenia. Di dunia tersebut ia bertemu dengan Lyra dan Pantalaimon, dan bersama-sama mereka menguak keberadaan instrumen berusia 300 th yang bisa membuka pintu menuju dunia-dunia, yaitu Pisau Gaib. Sewaktu mereka pergi ke Torre Degli Angeli untuk mengambil Pisau Gaib, tanpa sengaja Will menjadi sang Pembawa Pisau. Pisau Gaib diduga menjadi penyebab datangnya para Spectre, hantu pelahap jiwa orang dewasa. Suatu hari Lyra dan Will bertemu dengan para Penyihir dari dunia Lyra, dipimpin oleh Serafina Pekkala dan ratu Latvia, Ruta Skadi. Saat mereka melanjutkan perjalanan, Will bertemu ayahnya yang hilang, John Parry, yang ternyata terjebak di dunia Lyra dan dikenal sebagai Stanislaus Grumman, hanya untuk melihatnya dibunuh. Will lalu belajar bahwa klan Penyihir telah diserang Spectre, dan mengetahui bahwa Lyra diculik ibunya, Mrs. Coulter, agen Magisterium yang menyadari bahwa Lyra diramalkan sebagai Hawa yang baru. Ditemani oleh dua orang Malaikat, Will melanjutkan perjalanan ke dunia lain demi menyelamatkan Lyra dan menyerahkan pisau gaib pada ayah Lyra, Lord Asriel, demi menghancurkan Otoritas, Tuhan.
Will Parry berkelana menembus dunia-dunia untuk mencari Lyra, ditemani dua malaikat temannya, Baruch dan Balthamos. Sementara itu, Lord Asriel memulai perang terhadap Otoritas—dan Dr. Mary Malone tiba di sebuah dunia yang dihuni kawanan mulefa, sementara Magisterium mengirim pastor-pembunuh Pater Gomez. Ketika Will menemukan Lyra, dibantu oleh dua orang Gallivespia bernama Chevalier Tialys dan Lady Salmakia, berempat mereka menuju Dunia Kematian demi menyelamatkan Roger dan John Parry.