Temuan arkeologis menunjukkan bahwa pada tahun 1001, sudah terdapat sebuah gereja di situs tersebut. Gereja disebutkan dalam dokumen yang disimpan di Biara Pannonhalma. Pada tahun 1380, setelah kebakaran, katedral dibangun kembali dengan gaya Gotik dan didedikasikan untuk Santo Mikael pada tahun 1400. Bagian dari ruang bawah tanah yang kita lihat sekarang termasuk dalam periode ini. Belakangan, sebagian bangunan hancur pada masa pendudukan Turki. Pada abad kedelapan belas, gereja ini dipugar dengan gaya Romawi dan Gotik, elemen barok yang masih ada dihilangkan pada pemugaran tahun 1907–1910. Antara abad kedelapan belas dan kesembilan belas, katedral ini menyelenggarakan acara musik seperti konser karya komposer Eropa seperti Mozart, Haydn dan Ludwig van Beethoven. Pada tahun 1981, katedral ini diangkat oleh Paus Yohanes Paulus II menjadi basilika minor. Pada tahun 1993, katedral ini menjadi katedral metropolitan dan menerima dari biara Niedernburg relik Ratu Gisela dari Hongaria, istri Stephen I, dihormati sebagai diberkati oleh gereja Katolik dan dianggap sebagai salah satu tokoh penting bagi gereja di negara itu.