Pada awal berdirinya SMA Katolik Frateran Surabaya hanya menerima siswa putra dengan bangunan mendompleng SMP Katolik Angelus Custos 1, salah satu sekolah yang juga dikelola Yayasan Mardi Wiyata. Baru kemudian pada tahun 1967, Fratz (sebutan sekolah ini) menempati gedung barunya sendiri yang masih dipakai hingga hari ini. Tahun-tahun berikutnya diisi oleh semakin berkembang pesatnya sekolah yang berwawasan Katolik ini. Mulai tahun 1971, Frateran menerima murid putri yang menandakan keterbukaan. Sekolah yang terletak tak jauh dari Tugu Pahlawan dan Gereja Kepanjen ini mulai mendapat status berbantuan pada jadi disamakan pada tahun 1990 hingga 2005. Puncaknya, sejak 2005 hingga saat ini, sekolah yang beralamat di Jl. Kepanjen No.8 Surabaya ini mendapat akreditasi "A".[2]
Pada tahun 2006, dilakukan renovasi dan pembangunan gedung baru: perpustakaan dan laboratorium.
Ruang Wakil Kepala Sekolah di lantai 2 menjadi ruang Kepala Sekolah
Ruang Tata Usaha di lantai 1 menjadi ruang Wakil Kepala Sekolah
Kantin sekolah di bawah aula menjadi ruang Tata Usaha
Ruang OSIS di bawah aula menjadi ruang BK
Ruang BK di lantai 1 menjadi ruang OSIS
Tempat parkir motor di bawah aula menjadi kantin sekolah
Pada tahun 2008, SMAK Frateran menyelenggarakan Science Class yaitu kelas khusus untuk jurusan IPA dan mengganti ruang rapat menjadi ruang kelas untuk Science Class di lantai 4, setelah itu pada tahun 2019 diselenggarakan kelas Social Science (SSc) yaitu kelas khusus untuk jurusan IPS sebagai pengembangan dari Science Class, selanjutnya Science Class disebut sebagai kelas Natural Science (NSc).
Pada tahun 2023, SMAK Frateran memiliki maskot baru yang bernama Lupin, menggantikan maskot sebelumnya, Nori. Lupin terinspirasi dari patung rusa yang berada di taman.
SMA Katolik Frateran Surabaya membuka kelas khusus bagi murid yang kemampuan intelegensi melebihi rata-rata dengan nama Kelas Science dengan pengajar guru-guru dari SMAK Frateran Surabaya dibantu dosen-dosen universitas yang bekerjasama dengan SMAK Frateran Surabaya. Untuk menunjang lulusannya menghadapi globalisasi, SMA Katolik Frateran Surabaya memberikan pelajaran informasi teknologi (IT) yang bekerjasama dengan universitas terkemuka serta bahasa asing seperti Mandarin. SMAK Frateran Surabaya juga bekerja sama dengan salah satu rumah sakit di Surabaya untuk meningkatkan kemampuan hidup sehat peserta didik dalam lingkungan hidup sehat sehingga peserta didik dapat belajar, tumbuh dan berkembang secara harmonis dan optimal.[3]
Keterangan Logo Sekolah
Empat Sudut : sebagai empat penjuru angin, berarti menjurus ke segala arah.
Bingkai Lengkung : yang berarti lentur, selalu menyesuaikan pada situasi dan kondisi.
Lingkaran : artinya bulat, mempunyai tekad bulat, berkemauan kuat.
Obor : sebagai lambang pemberi sinar terang sebagai suluh.
Salib : salib putih berarti kasih yang suci.
Buku : sebagai sumber ilmu pengetahuan dan pendidikan.