Magnús var sonur Heina Jónssonar, sem í Færeyjum var jafnan nefndur Heini Hafreki. Hann var norskur og er sagt að þegar hann var ungur námsmaður hafi hann hrakið á bát frá Björgvin til Húsavíkur á Sandey í Færeyjum. Þar settist hann að, giftist dóttur bónda og varð fyrsti lútherski prófastur Færeyja. Af börnum hans eru þekktastir synirnir Jón eða Jógvan Heinason, sem varð lögmaður Færeyja, og Magnús. Móðir hans var seinni kona Heina, Gyðríð Arnbjarnardóttir. Hún var norsk höfðingjadóttir og var Magnús því alnorskur þótt hann væri fæddur og uppalinn í Færeyjum.
Magnús vandist sjómennsku frá unga aldri. Þegar hann var innan við tvítugt fékk faðir hans embætti í Björgvin og flutti þangað með fjölskylduna. Ekki leið á löngu þar til Magnús var orðinn skipstjóri á skipi sem sigldi þaðan til Færeyja en í þriðju verslunarferðinni réðust sjóræningjar á skipið. Magnús gafst upp án mótspyrnu en var hæddur fyrir það þegar hann kom aftur til Björgvinjar og sór þess þá að hefna sín.
Frami
Magnús hélt til Hollands og var um tíu ára skeið á herskipum Vilhjálms þögla prins af Óraníu og Mórits sonar hans. Hann barðist í uppreisn Hollendinga gegn Spánverjum við góðan orðstír. Árið 1578 hélt hann til Kaupmannahafnar og bauð Friðrik 2. Danakonungi þjónustu sína. Konungur sendi hann fyrst til Færeyja að innheimta skuldir og ári síðar fékk hann einkarétt á verslun við Færeyjar þrátt fyrir mótmæli Christoffers Valkendorf ríkisféhirðis, sem eitt sinn var hirðstjóri á Íslandi.
Sjórán og strandhögg voru algeng á Færeyjum og sumarið 1579 kom skoskur maður að nafni Klerck til Þórshafnar og rændi meðal annars öllum vörubirgðum verslunarinnar. Konungur gaf þá út kaprarabréf (leyfisbréf til sjórána) handa Magnúsi og heimilaði honum að ráðast á ensk og hollensk skip á hafinu milli Færeyja og Noregs. Magnúsi tókst að stöðva sjóránin og Færeyingar hylltu hann fyrir vikið.
Magnús hóf að reisa virki í Þórshöfn (Skansinn) en á meðan hann var upptekinn við mannvirkjagerð sigldi þýskt skip milli eyjanna og stundaði launverslun. Það varð til þess að Valkendorf tókst að fá Magnús sviptan verslunareinkaleyfinu. Magnús vildi reyna að koma sér aftur í mjúkinn hjá konungi og bauðst til að finna siglingaleið til Grænlands og koma á viðskiptum við Grænlendinga. Hann sigldi upp að ströndum Grænlands en tókst ekki að ganga á land vegna hafíss.
Ákærur og aftaka
Árið 1581 var hann sakaður um að hafa nauðgað Margrethe Axeldatter Gyntersberg, eiginkonu norska lögmannsins Peder Hansen, en einnig hafði hann dregið yngri systur hennar, Sophie, á tálar og giftist henni í Bergenshus 1582 að kröfu fjölskyldunnar, eftir að hafa áður lagt eið að því að hafa ekki haft nein mök við eldri systurina. Hann hélt svo til Færeyja en Margarethe hélt fast við ásakanir sínar og var það alvarleg ákæra því það töldust sifjaspell að hafa mök við systur. Jafnframt ásakaði Valkendorf Magnús um að hafa svikið undan fé í Færeyjaversluninni.
Vegna ákæranna þurfti Magnús að flýja land. Hann fór þá aftur til Hollands og var í þjónustu prinsins af Óraníu næstu tvö árin en þá tókst honum aftur að ná sáttum við konung og er ekki ljóst hvernig fór með ákærurnar. En Valkendorf var ekki af baki dottinn og bar fram nýjar ákærur. Magnús lagði á flótta að nýju með konu sína og börn en var handtekinn í Noregi. Um svipað leyti féll konungur skyndilega frá og Valkendorf greip tækifærið og lét dæma Magnús til dauða fyrir ýmsar sakir og gaf honum ekki ráðrúm til að áfrýja, heldur var hann hálshöggvinn á Gamlatorgi í Kaupmannahöfn tveimur dögum eftir dóminn, 18. janúar 1589.
Sophie, ekkja Magnúsar, og vinur hans fengu mál hans tekið upp að nýju ári síðar og var hann þá sýknaður af öllum ákærum. Lík hans var grafið með viðhöfn og Valkendorf var sviptur öllum embættum.
Eftirmæli
Magnús Heinason er enn þjóðhetja í Færeyjum og þar eru sagðar margar frægðarsögur af honum og margar bækur hafa verið skrifaðar um hann. Þó eru til margar heimildir um að hann hafi verið ófyrirleitinn mjög og gert sig sekan um ýmsar lögleysur og dómar sagnfræðinga um hann hafa verið mjög misjafnir.
