Stefán hóf störf í lögreglunni á Sauðárkróki 1997 og starfaði þar til ársins 1998 er hann hóf störf í lögreglunni í Reykjavík. Hóf nám í Lögregluskóla ríkisins árið 1998 og að skóla loknum hóf Stefán störf hjá lögreglunni í Reykjavík. Árið 2001 hóf hann störf í sérsveit ríkislögreglustjóra og starfaði þar til ársins 2007. Hóf störf í greiningardeild ríkislögreglustjóra árið 2007 til 2008 þegar hann hóf störf sem yfirlögregluþjónn á Sauðárkróki. Stefán starfaði samhliða lögreglustarfinu hjá utanríkisráðuneytinu og fór til Afganistan sem friðargæsluliði 2006 til 2007. Stefán á þrjú börn, tvær dætur og einn son.
Stefán var kjörinn til setu í sveitarstjórn sveitafélagsins Skagafjarðar 2010 en hann var oddviti lista Framsóknarflokksins. Eftir sveitastjórnarkosningarnar 2010 var hann kjörinn formaður byggðarráðs sveitarfélagsins.
Stefán var vorið 2014 skipaður formaður Norðvesturnefndar á vegum ríkisstjórnarinnar, en henni var ætlað að fjalla um leiðir til þess að styrkja atvinnulíf og samfélag á Norðvesturlandi. Nefndin skilaði af sér tillögum[1] í desember 2014, meðal annars þess efnis að færa höfuðstöðvar RARIK til Sauðárkróks, sem og hluta af starfsemi Landhelgisgæslunnar, aðallega skiparekstur Gæslunnar.
Stefán Vagn var kjörinn á þing fyrir Framsóknarflokkinn í Norðvesturkjördæmi í alþingiskosningunum árið 2021.
