Figlio di Germain Goudeau (1814-1858) architetto a Périgueux e cugino di Léo Goudeau, parente di Léon Bloy, Émile Goudeau, dopo gli studi al seminario, fu prefetto di diversi licei prima di entrare al Ministero delle Finanze come impiegato, impegno che gli lasciava il tempo per consacrarsi prima di tutto alla poesia.
«Émile Goudeau era périgourdin: aveva la carnagione molto scura, i capelli e la barba nerissimi; uno strabismo accentuato che gli dava un'aria feroce: ma era del tutto un brav'uomo, e aveva molto talento, un talento originale e gustoso come il vino. [...] Émile Goudeau aveva del genio: solo come quello del Duca Soulografiesky, la sua sete era di Danaide; questa affogava quello. Comunque sia, Émile Goudeau presiedeva con bonomia e autorità le riunioni degli Hydropathes»
L'11 ottobre 1878, fu fondatore e presidente del circolo degli Hydropathes, giacché si beveva moltissimo nella bohème di allora, in particolar modo il verde assenzio, che causava danni. Goudeau pagava i suoi collaboratori con bevande e questo salario fu fatale al più dotato di tutti loro, Jules Jouy. Gli Hydropathes iniziarono a riunirsi sulla rive gauche ma quando Rodolphe Salis aprì il cabaretLe Chat noir nel 1881, questi persuase Goudeau a trasferirli nel suo locale.
Émile Goudeau era celebre per le sue mistificazioni, come il suo funerale, affidato alla ditta Borniol, nel Le Chat noir trasformato in camera ardente.