Alberto era ora libero di concentrarsi pienamente nelle questioni interne dei propri domini ed in particolare si concentrò sul far divenire la Baviera uno dei centri fondamentali della controriforma. Incapace di natura di prestar fede ai saldi principi della religione, condusse una vita di piacere, rimanendo comunque convinto che la fortuna dei Wittelsbach derivasse dall'essere il punto di riferimento cattolico per la Germania. Nelle questioni interne prese poche decisioni e di poco conto, devolvendo la maggior parte della gestione, soprattutto negli ultimi anni del suo governo, a Georg Stockhammer e a Wiguleus Hundt. Quest'ultimo ebbe parte rilevante per il conseguimento del trattato di Passau (1552) e della pace di Augsburg (1555).
Alberto compì sforzi inauditi per far ottenere al proprio figlio, Ernesto di Baviera, l'elezione ad Arcivescovo di Colonia. Gli sforzi si vanificarono con la morte di Alberto, ma questo progetto venne raccolto dai suoi successori che ottennero il titolo e lo detennero per oltre due secoli.
Alberto si definì come un patrono delle arti e fondò per questo diverse collezioni d'arte e la biblioteca di corte di Monaco divenne uno dei centri fondamentali della cultura bavarese durante tutto il XVI. Impiegò alla propria corte la figura di Willibald Imhoff come esperto d'arte per riordinare il suo gabinetto numismatico.
Matrimonio e discendenza
Dal matrimonio con Anna d'Austria nacquero i seguenti figli:
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