Nato da Giovan Francesco, pittore, e da Caterina Materni, si trasferì a Firenze nel 1833 dove sviluppò il suo talento artistico presso l'Accademia di Belle Arti con l'aiuto dei maestri Niccola e Pietro Benvenuti.
I suoi dipinti a carattere religioso sono raffaelleschi nello stile e nella pulizia compositiva, tendendo anche a un realismo quasi fotografico.
Dipinse molte opere per varie chiese in Italia e Svizzera, e ritratti, come quello di suo suocero Gaetano Bianchini o quello, divenuto estremamente famoso, di Camillo Benso conte di Cavour.
Nel 1852 Ciseri fu nominato professore all'Accademia per l'insegnamento superiore.
In seguito al riordinamento post-unitario delle Accademie e del patrimonio artistico italiano affidato a eruditi ed artisti coordinati da Giovanni Battista Cavalcaselle, Antonio Ciseri, nel 1874, schierato di fatto con l'Accademia di San Luca che aborriva queste innovazioni, realizzò una feroce caricatura dello stesso Cavalcaselle[3] che rientrava nella linea portata avanti della rivista satirica Il Cassandrino attraverso disegni e testi satirici, decisamente contro ogni innovazione [4].
A causa dell'elevata imposizione fiscale svizzera, nel 1877 acquisì su sua istanza la cittadinanza italiana.
Ciseri si sposò con Cesira Bianchini. Morì all'età di 70 anni e fu sepolto nella cimitero delle Porte Sante.
Opere
Il martirio dei Maccabei nella chiesa di Santa Felicita a Firenze (1853-63), per il quale fu premiato con la medaglia d'oro all'esposizione universale di Vienna nel 1873, è la sua opera più celebre
^A. Foresi, Capriole del Cavaliere Gaetano Milanesi Accademico della Crusca e suicidio del Cavaliere G.B.Cavalcaselle ispettore a Roma del Museo Nazionale del Bargello, Firenze, 1874
^Marica Marzinotto, Giovanni Battista Cavalcaselle "nemico" della Pontificia Accademia di San Luca, sta in Ricerche di Storia dell'arte, Rivista Quadrimestrale, Carocci Editore, n. 107, anno 2012, pp 47 - 58