L'Associazione Sportiva Messina venne fondata nel 1945 con la fusione di tre società della città di Messina che si erano ricostituite dopo il periodo bellico: Unione Sportiva Peloro, Unione Sportiva Arsenale e Unione Sportiva Tenente Mario Passamonte. In virtù del titolo sportivo di quest'ultima, che aveva disputato la Serie C 1942-1943 prima della sospensione dei campionati, la nuova Associazione Sportiva Messina venne iscritta alla Serie C 1945-1946. Chiuse il campionato al 5º posto nel girone F della Lega Centro-Sud a pari punti con l'altra squadra messinese, l'Associazione Calcio Gazzi. Nella stagione regolare la stracittadina si era conclusa con una vittoria del Gazzi per 2 a 0 e un pareggio per 0 a 0.
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