I Bacilli sono una classe di batteri appartenenti al phylum dei Firmicutes.
In maniera impropria il termine viene utilizzato in riferimento a ogni batterio a forma di bastoncello. Questo non implica che tutti i membri della classe dei bacilli abbiano tale forma. Tra i bacilli più conosciuti figurano Escherichia coli o i cocchi gram positivi appartenenti alle famiglie Staphylococcaceae e Streptococcaceae, questi ultimi di forma sferica.
I bacilli sono distinti dai Clostridia dalla respirazione aerobica. I loro rapporti sono ancora piuttosto incerti, e appaiono essere parafiletici, dando origine ai Mollicutes e forse altri.