La basilica di Sant'Eufemia venne probabilmente fondata verso il 472 dal vescovo san Senatore (di cui si conservano le spoglie proprio nella chiesa), il quale, come prete al seguito del vescovo sant'Abbondio, partecipò in precedenza al concilio di Calcedonia e da lì riportò a Milano una reliquia della santa a cui la basilica è dedicata[1][2].
La chiesa venne quindi ricostruita nel XV secolo e poi rimaneggiata nei secoli successivi grazie anche all'intervento di importanti mecenati. Qui nel 1564 venne battezzato Federigo Borromeo, nipote di san Carlo e futuro arcivescovo di Milano[1][2].
Nel 1870 l'architetto Enrico Terzaghi creò l'attuale alta aula centrale eliminando tre campate. Per motivi statici la chiesa venne anche allungata di una campata e quindi rifatta la facciata[1][2].
L'interno della chiesa, in stile neogotico, è composto da tre sezioni distinte: l'avancorpo ottocentesco, la navata e l'abside. Sia le pareti, sia le volte sono riccamente decorate con affreschi policromi[3].
L'avancorpo, di due campate, è diviso in tre navate coperte con volta a crociera. Sulla sinistra, si trova il battistero, con fonte battesimale marmoreo. La navata, larga quanto tutto l'avancorpo e più alta, è costituita da due campate con volta a crociera e presenta una serie di quattro cappelle laterali sul fianco destro. Sulle pareti laterali si aprono delle alte monofore a sesto acuto. L'abside semicircolare, preceduta da un coro a pianta quadrangolare, ospita l'altare maggiore in marmi policromi, realizzato da Spirito Maria Chiappetta[4] la cui mensa, dopo il Concilio Vaticano II, è stata staccata dall'alzata e collocata più avanti.
Tra le opere scultoree va menzionata la Tomba Brasca realizzata dallo scultore Cristoforo Solari detto il Gobbo. Degne di nota anche le opere pittoriche lo Sposalizio di Santa Caterina olio su tela di scuola leonardesca, attribuito da alcuni alla mano di Marco d'Oggiono nella prima cappella a sinistra della navata[2]. Ora la chiesa conserva anche la tela con la Pentecoste di Simone Peterzano traslocata qui dalla vicina chiesa di San Paolo Converso[2]. Nella terza cappella si trova una tela raffigurantela Madonna con Bambino e Santi, di Marco d'Oggiono; la tela con la Madonna del Santo Rosario è opera di Augusto Lozzia[2].
Lo strumento, a trasmissione pneumatico-tubolare, ha due tastiere di 58 note ciascuna ed una pedaliera concava di 27. La mostra è racchiusa entro l'elegante cassa neogotica in tre campi, ciascuno dei quali è composto da una cuspide di canne di principale (19 canne quella centrale, 11 quelle laterali).
A Sant'Eufemia e alla sua piazza è dedicato un album del jazzista Renato Sellani registrato negli studi discografici della PDU che avevano sede, fino al 1982, nella vicinissima chiesa sconsacrata di San Paolo Converso.
In tempi più recenti la basilica ha accolto la celebrazione dei funerali di Nilla Pizzi[3].
^Maria Antonietta Crippa, Un esempio lombardo del neo-gotico transalpino: note sull'opera di S.M. Chiappetta, in "Arte Cristiana", fascicolo 698, volume LXXI, settembre-ottobre 1983, pp. 277-286.
L'organo a canne - Galleria fotografica, su marietto.altervista.org. URL consultato il 13 settembre 2012 (archiviato dall'url originale il 16 settembre 2012).