La cronometro maschile Elite dei Campionati del mondo di ciclismo su strada 2016, ventitreesima edizione della prova, si disputò il 12 ottobre 2016 con partenza ed arrivo a Doha, in Qatar, su un percorso di 40 km. La vittoria fu appannaggio del tedesco Tony Martin, che terminò la gara in 44'42", alla media di 53,691 km/h, precedendo il bielorusso e detentore del titolo Vasil' Kiryenka e lo spagnolo Jonathan Castroviejo.
Sul traguardo di Doha 66 ciclisti, su 70 partenti, portarono a termine la competizione.
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