Fu costruita alla fine del XIII secolo per ospitare la sepoltura di Giangaetano Orsini: un giovane diacono di nobile famiglia, morto nel 1294, fratello del cardinale Napoleone Orsini (nonché il committente della cappella) e nipote del papa Nicolò III. Questa si trova a pochi metri dalla tomba di san Francesco: una posizione assolutamente privilegiata.
La vetrata della cappella, dai caratteri cimabueschi e romani, è forse la più antica della chiesa, databile al Duecento e raffigurante (dal basso, su più registri) gli stemmi Orsini, San Giovanni Battista, il Redentore benedicente, Zaccaria e l'angelo, busti di angeli e due mostri.
Le altre vetrate delle bifore laterali sono invece moderne, opera della ditta Tolleri di Firenze, su modelli di quelle duecentesche conservate nei depositi.
Bibliografia
AA.VV., Umbria ("Guida rossa"), Touring Club editore, Milano 1999. ISBN 88-365-1337-9