Nato a Firenze nel 1840, figlio di Baldassarre, noto giurista e magistrato toscano, Cesare Paoli si diplomò ventunenne in paleografia e diplomatica presso l'Archivio centrale di Stato di Firenze e vi lavorò poi come archivista. Nel 1865 si trasferì all'Archivio di Siena[1]. Dal 1874 insegnò paleografia latina e diplomatica nell'Istituto di studi superiori di Firenze, prima come professore straordinario poi, dal 1886, in qualità di ordinario.[1] Diresse, dal 1887 al 1902, anno della sua morte, la rivista Archivio storico italiano, pubblicata dalla Deputazione di storia patria per la Toscana[1].
La sua opera Programma scolastico di paleografia latina e di diplomatica, manuale edito per la prima volta nel 1888, ristampato più volte e tradotto in tedesco[2] rappresentò un importante contributo italiano alle due discipline[3].
Lettere di Massimo d'Azeglio a Giuseppe Torelli con frammenti di questo in continuazione dei Miei ricordi, pubblicate per cura di Cesare Paoli, Milano, P. Carrara, 1870.
Lettere volgari del secolo XIII scritte da senesi, pubblicate e illustrate con documenti e annotazioni da Cesare Paoli e da Enea Piccolomini, Bologna, G. Romagnoli, 1871.
Ricordi politici di Giuseppe Torelli, pubblicati per cura di Cesare Paoli, Milano, Libreria d'istruzione e d'educazione di Paolo Carrara, 1873.
Collezione fiorentina di facsimili paleografici greci e latini illustrati da Girolamo Vitelli e Cesare Paoli, Firenze, Le Monnier, 1884-1898.
I Codici Ashburnhamiani della R. Biblioteca Mediceo-Laurenziana di Firenze, a cura di Cesare Paoli ed Enrico Rostagno, Roma, presso i principali librai, 1887.
Il libro di Montaperti (an. 1260), pubblicato per cura di Cesare Paoli, Firenze, G. P. Vieusseux, 1889. Nuova ed., ristampa anastatica dell'edizione Vieusseux, Firenze, FirenzeLibri, 2004. ISBN 88-7622-000-3.
