La squadra Cofidis nacque alla fine del 1996, prima come struttura organizzativa, poi, nel 1997, come gruppo professionistico. Può essere considerata come discendente indiretta della squadra Castorama, già Super U e Renault-Gitane, essendo stata inizialmente diretta da Cyrille Guimard, a cui si aggiunse Bernard Quilfen, entrambi ex dirigenti della Castorama.
Nella suo primo stagione di attività la Cofidis debuttò con grandi ambizioni, reclutando diversi corridori di spessore. Nell'organico di quella stagione figuravano Maurizio Fondriest, Lance Armstrong e Tony Rominger. Questi ultimi due erano considerati i capitani per le corse a tappe, con l'obiettivo di vincere uno dei Grandi Giri. Lance Armstrong annunciò però di avere un cancro ai testicoli nel mese di ottobre del 1996, e Tony Rominger si ruppe la clavicola nella quarta tappa del Tour de France 1997.[1] In quella stagione le principali vittorie arrivarono dai corridori francesi della squadra: Philippe Gaumont vinse la Gand-Wevelgem, Nicolas Jalabert la Coppa di Francia e Laurent Desbiens una tappa al Tour de France.
Nel 1998 la Cofidis cambiò la dirigenza: Cyrille Guimard se ne andò e venne rimpiazzato da Bernard Quilfen. La nuova stella della squadra era Francesco Casagrande. L'italiano vinse la Clásica San Sebastián ma, dopo essere stato trovato positivo al testosterone al Giro del Trentino ed al Tour de Romandie, abbandonò il Tour de France dopo la decima tappa. Rimase solo una stagione nella squadra francese che, in assenza del suo leader, brillò ugualmente al Tour de France: vinse la classifica a squadre, Bobby Julich chiuse terzo nella generale davanti a Christophe Rinero, quarto e miglior scalatore. Roland Meier fu inoltre settimo.
1999-2003: le vittorie con Vandenbroucke, Millar e Moncoutié
Per l'anno seguente la Cofidis si rinforzò in vista delle classiche reclutando i belgi Nico Mattan, Peter Farazijn e Frank Vandenbroucke. Quest'ultimo vinse Liegi-Bastogne-Liegi, Omloop Het Volk e due tappe alla Vuelta a España. Tuttavia, per costringere i dirigenti della squadra a selezionarlo per la Parigi-Roubaix, si ritirò alla Gand-Wevelgem. Qualche settimana più tardi, venne arrestato con altre quindici persone, sospettato di essere cliente di Bernard Sainz. La squadra lo sospese per diverse settimane. Vandenbroucke si fratturò poi il polso all'inizio del 2000, rimase a lungo lontano dalle gare e si trasferì alla Lampre-Daikin nel 2001. Nella stagione 2000 si mise in evidenza il giovane scozzeseDavid Millar, vincitore all'esordio del prologo di Futuroscope al Tour de France. Nello stesso anno David Moncoutié si classificò secondo al Tour de l'Avenir. I due diventarono i capitani della squadra per le corse a tappe.
La Cofidis conobbe allora i suoi migliori anni, classificandosi sesta nella graduatoria a squadre UCI nel 2002, settima nel 2001 e nel 2003, grazie anche alla vittoria di Nico Mattan al Grand Prix de Ouest-France 2001, al quarto posto di Andrej Kivilëv al Tour de France 2001, alla tredicesima posizione di David Moncoutié al Tour 2002, ed a David Millar, che vinse tre tappe alla Vuelta a España e due al Tour de France tra il 2001 ed il 2003, diventando anche campione del mondo a cronometro nel 2003. Nel marzo 2003 la squadra fu segnata dalla morte dello stesso Andrej Kivilëv, vittima di una caduta durante la Parigi-Nizza.
2004-2007: l'Affaire Cofidis e l'ingresso nel ProTour
Nella stagione 2004 la Cofidis ripartì con grandi ambizioni. Con l'arrivo di Stuart O'Grady e del campione del mondo in linea in carica Igor Astarloa, si presentava al via della stagione con in rosa entrambi gli iridati Elite su strada. La stagione venne però segnata dall'Affaire Cofidis. Inizialmente riguardò ex membri della squadra ed il suo massaggiatore Bogdan Madejak, ma si allargò a diversi corridori dell'organico di quell'anno: Philippe Gaumont, David Millar, Massimiliano Lelli, Médéric Clain, Cédric Vasseur. Quest'ultimo venne scagionato, ma gli altri vennero tutti licenziati. Igor Astarloa lasciò la squadra e tornò alla Lampre. La dirigenza venne modificata in seguito alla partenza del medico Jean-Jacques Menuet e di Alain Bondue, temporaneamente rimpiazzato da Francis Van Londersele. Dopo un'auto-sospensione di un mese, la Cofidis tornò alle competizioni in maggio e realizzò una buona stagione, soprattutto grazie a Stuart O'Grady che vinse due tappe al Critérium du Dauphiné Libéré, una tappa al Tour de France, e la HEW Cyclassics. David Moncoutié vinse una tappa al Tour del 2004 e una nell'edizione successiva.
A partire dal 2005 la Cofidis e il suo nuovo manager, Éric Boyer, scelsero una nuova politica sportiva, facendosi promotori della lotta contro il doping, soprattutto per favorire la pratica dei controlli interni alle squadre, facendo inoltre in modo da ridurre la pressione sui corridori riguardo ai loro risultati. La squadra prese parte al circuito ProTour sin dalla creazione nel 2005, ma non fece più parte delle prime dieci migliori squadre della classifica UCI. Soprattutto, nonostante riuscisse ad ottenere qualche vittoria di tappa nei Grandi Giri, non riuscì più come nelle stagioni precedenti ad imporsi delle classiche.
Nel 2006 Rik Verbrugghe vinse la tappa di Saltara al Giro d'Italia, e Jimmy Casper una frazione al Tour de France. Durante il Tour de France 2007, Cristian Moreni risultò positivo in un controllo antidoping al testosterone e, nonostante nessun altro compagno fosse implicato, la dirigenza ritirò la squadra e sospese l'attività per due settimane.[2]
Dal 2008
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Dal 1998 il team Cofidis ha avuto nei suoi ranghi anche un atleta di paraciclismo, Laurent Thirionet, due volte campione paralimpico e nove volte campione del mondo. Nel 2010 è stato creato il primo gruppo di paraciclismo all'interno di una formazione professionistica: al 2016 lo compongono cinque paraciclisti.[4]