Gli incontri della sezione africana dei gruppi di qualificazione per i Mondiali di calcio 2006 sono stati validi anche per le qualificazioni alla Coppa delle nazioni africane. Anche se solo la prima classificata di ogni gruppo ha ottenuto un posto per i Mondiali, le prime tre in ciascuno dei cinque gironi si sono qualificate per la Coppa d'Africa. La squadra dell'Egitto si è qualificata automaticamente in quanto paese ospitante, e avendo terminato il suo girone nei primi tre posti ha fatto spazio alla Libia, quarta classificata, come sedicesima squadra.
Delle quattro squadre qualificate a sorpresa per i Mondiali solo la Costa d'Avorio ha tenuto fede alle attese, riuscendo ad oltrepassare i gironi eliminatori e ad accedere alla finale, poi persa contro i padroni di casa dell'Egitto. Al terzo posto si è classificata la Nigeria, al quarto posto il Senegal.